Первоначально воспринявший московскую инициативу весьма скептически, подозревая в ней попытку косвенным путем добиться влияния на Александра Александровича, Победоносцев вскоре понял, что новая структура открывает ему значительные возможности в плане разворачивавшейся в то время борьбы в верхах. Прежде всего, вмешательство в дела, связанные с флотом, было дополнительным оружием против одного из столпов правительственного либерализма — великого князя Константина Николаевича. После того как Победоносцев занялся делами судоходной компании, в его переписке с цесаревичем всё чаще стали встречаться упоминания о преимуществе ее пароходов перед кораблями морского министерства, о пренебрежении, с которым великий князь Константин относится к своим прямым обязанностям, о том, что Добровольный флот вынужден брать на себя функции, от которых фактически отреклось министерство (в частности, организацию бесперебойной морской связи Центральной России с Дальним Востоком).
Руководство Добровольным флотом давало Победоносцеву возможность вмешиваться в самый широкий круг дел в различных сферах государственного управления. Здесь особенно ярко стали проявляться примечательные качества консерватора, которые и раньше были заметны в его отношениях с наследником престола, — стремление высказываться по самым разным административно-политическим вопросам и безусловная вера в свою способность эти вопросы решить. Еще в годы Русско-турецкой войны Константин Петрович авторитетно высказывался и о воспитании детей цесаревича, и о правильных, с его точки зрения, способах ведения военных действий. Теперь же, полемизируя со своим тезкой, великим князем, он подробно рассуждал о сравнительной пригодности для России различных типов крейсерских кораблей и грузовых судов; в письмах цесаревичу давал безапелляционные оценки администраторам, руководившим важными для Добровольного флота регионами (Таврической губернией, Одессой, Сахалином). Будущий обер-прокурор, не имевший никакого отношения ни к военной, ни к технической сфере, попытался заняться даже перевооружением русской армии и флота. Он руководил опытами по созданию «воздухоплавательных снарядов» (с целью поставить под удар Англию, недостижимую с суши), а также поддерживал инженера С. К. Джевецкого, занимавшегося созданием первых моделей подводных лодок.
Встав у руля Добровольного флота, Победоносцев впервые после 1869 года, когда прекратилось его наставничество в царской семье, смог занять официальное положение при наследнике, стать, по словам историка Ю. В. Готье, «его формальным сотрудником в деле, требовавшем определенных докладов, распоряжений и выбора людей»
