Начиная с 1860 года, при Александре II, на юге Казахстана строится ряд крепостей, предназначенных как для того, чтобы держать под контролем уже подчиненные земли, так и для того, чтобы создать базу для новых территориальных захватов. Самый восточный из этих форпостов получает имя Верный. Вокруг казармы и окружающих ее строений вырастет поселок, который десятилетия спустя станет под именем Алма-Ата столицей Казахской Советской Социалистической Республики. В начале 1860-х годов начинается наступление царских войск на территорию Узбекистана. Первоначально военные действия развернулись против Кокандского ханства и завоеванных им ранее земель. Осенью 1862 года русские войска вступили в Пишпек (ныне г. Фрунзе), летом 1863 года захватили крепость Сузак, весной 1864 года — г. Аулие-Ата и г. Туркестан. В сентябре 1864 года был штурмом взят Чимкент, а в мае 1865 года — Ташкент. Затем были разбиты бухарские войска, двигавшиеся к Ташкенту. Бухарский эмир провозглашает тогда «газават» (священную войну) и призывает к участию в ней жителей Кокандского ханства, а также Хиву, Турцию, Афганистан и Индию. Генерал Кауфман, который командует русскими армиями, очень быстро захватывает бухарские города Ура-Тюбе и Джизак, крепость Янчикурган и принуждает эмира к переговорам. Последний уступает России (по мирному договору 1868 года) долины в среднем течении Зеравшана с городами Ходжент, Ура-Тюбе, Джизак, Каттакурган, Самарканд и выплачивает своим противникам репарации в размере пятисот тысяч серебряных рублей. Он также обязуется не взимать с товаров, поступающих из России или идущих в нее, налоги, превышающие пять процентов их стоимости. По сути дела, победа генерала Кауфмана превратила эмират в протекторат, что и было зафиксировано позднее в официальном договоре.
Менее чем через пять лет настала очередь Хивинского ханства, которое рушится под ударами русских армий. Хан отказывается от борьбы, приказав открыть ворота своей столицы, и, согласно мирному договору, навязанному ему в августе 1873 года, признает себя «покорным слугой императора всея Руси». Кроме того, он уступает ему свои владения на правом берегу Амударьи, предоставляет ему полную свободу навигации по этой реке и обязуется выплатить дань в размере двух миллионов рублей. Хан заявляет о своем решении отменить рабство и дает победителям право построить склады, фабрики и портовые сооружения на левом берегу Амударьи. Русские караваны и торговцы смогут отныне свободно передвигаться по территории ханства, которое гарантирует им безопасность и освобождение от таможенных сборов.
