Дворец построен ученым папой Николаем V. В 1492 году, сделавшись понтификом, Александр VI выбрал эти комнаты в качестве личных апартаментов, а отделывать их пригласил Пинтуриккьо с учениками. Работа заняла три года. Считается, что первые несколько комнат декорировали ученики, тем не менее они стоят внимания. Сивиллы и пророки в первом помещении композиционно изображены так, как сделал Микеланджело на потолке Сикстинской капеллы, и это подтверждение гуманистической идеи о том, что светская и даже языческая мудрость могут быть созвучны библейским откровениям. Сивиллы, представленные здесь как мудрые оракулы языческого прошлого, выступают в роли древнееврейских пророков, предсказавших рождение Христа. В зале Сивилл папа Юлий II держал арестованного Чезаре Борджа после его поимки в 1503 году. Традиционно утверждается, что за три года до ареста в этом же помещении Чезаре убил своего кузена Альфонсо Арагонского. Далее идет комната Символа веры, в которой имеется все, что нужно, для верующего: слова Символа веры написаны на свитках, которые держат двенадцать апостолов, изображенных на круглых окнах. И снова достигнут светский баланс: добавлены воображаемые портреты величайших античных философов с мудрыми цитатами из их учений. Полнота светской учености находит выражение в комнате Семи свободных искусств с аллегориями Грамматики, Диалектики, Риторики (тривий), дающими дорогу Геометрии, Арифметике, Астрономии и Музыке (квадривий). Словно охраняя вход в более прекрасный мир, эта комната приводит в самое большое помещение, в зал, где Александр VI давал аудиенции и, возможно, обедал, — зал Святых.
Джон Келли в своей изумительно исчерпывающей книге «Оксфордский словарь пап» называет Александра «преданным блюстителем религиозных традиций, несмотря на личную распущенность». Его религиозность хорошо видна в отчетах о папских церемониях и ритуалах, описанных в дневниках его церемониймейстера Иоганна Буркхарда. Хотя рукопись Буркхарда издана с пропуском страниц и отдельных абзацев (неизвестно, была ли то воля автора, или это сделала чья-то другая рука), временами текст приводит в изумление. Это наш единственный источник о скандальном эпизоде с каштанами. Раскаленные докрасна орехи рассыпали на полу столовой, а обнаженные шлюхи, ползая на четвереньках, должны были губами собирать каштаны. Придворные тем временем сидели у них на спинах, словно жокеи. Девушке, собравшей наибольшее количество орехов, доставался приз. Откуда это известно? Я не могу понять, как эти сцены могли совершаться пред глазами святых, нарисованных Пинтуриккьо. Фрески, правда, не обошлись без сексуальных моментов. В «Искушении святого Антония» бесы, наполовину в женском обличии, напоминают современных римских проституток, а похотливость двух старцев при виде Сузанны в картине, написанной на библейский сюжет, могла отражать реакцию стареющих кардиналов и придворных на разворачивающиеся перед ними соблазнительные сцены. Вся художественная идея, кажется, имела подтекст осаждаемой добродетели: Варвара в башне; пронзенный стрелами за отказ от близости с императором святой Себастьян; Сузанна — жертва похотливых стариков.
