В 30-х годах XVI в. в Неаполе начал свою деятельность снискавший ненависть испанских властей Джованни Вальдес, ярый противник светской власти пап. Среди его наиболее верных последователей была Джулия Гонзага, которая оказывала покровительство и поддержку многим выдающимся деятелям протестантского движения Италии. Его учеником был Пьетро Мартире, вынужденный бежать из Неаполя в Лукку, где он создал протестантскую общину. Такие же общины были созданы во Флоренции и Сьене. Итальянский протестантизм распространялся в XVI в. с юга на север, из Неаполя во Флоренцию. Одним из наиболее видных приверженцев Вальдеса был пользовавшийся общеевропейской известностью богослов Бернардино Оккино, который бежал в Швейцарию от преследований римской курии. Среди протестантов Южной Италии было несколько епископов и архиепископов. В распространении реформационных учений среди некоторой части южноитальянского высшего духовенства и дворянства большую роль играли их антиримские и антииспанские настроения. Церковный писатель Караччоли говорил о наличии в Неаполе 3 тысяч еретиков. Про-тестаптское движение охватило также такие области Неаполитанского королевства, как Калабрия, где его возглавлял Аполлонио Меринда, и родной край Ванини — Апулию, где вождями протестантов были дон Джованни да Кастрофьяно и Людовико Манна.
Неаполитанский протестантизм был близок к цвинглианству и кальвинизму: некоторые видные протестанты отстаивали положение о спасении одной верой, вопреки католическому тезису о спасении «добрыми делами», т. е. уплатой папских налогов, платой за индульгенции и т. п. Положение о спасении одной верой подрывало материальные и организационные основы католицизма. Другая часть итальянских протестантов была близка к немецкому реформатору Меланхтону. Однако сам Меланхтон говорил, что итальянские протестанты, его сторонники, близки к античной философии и влюблены в «суетную» науку, что он считал их заблуждением. Действительно, итальянский протестантизм был тесно связан с итальянским и общеевропейским гуманизмом (одним из виднейших представителей которого был Эразм Роттердамский). Швейцарский церковный радикализм Цвингли и Кальвина сочетался здесь с итальянским республиканизмом. Таким образом, итальянский протестантизм имел собственные истоки и свою специфику.
Во всех странах Европы, в той или иной степени захваченных реформацией, последняя встречала большое сопротивление со стороны не желавшего уступать своих позиций класса феодалов и католической церкви. Так было и в Италии — резиденции папства. Католическая реакция, начавшаяся в 40-х годах XVI в., была направлена на укрепление феодальных порядков и прежде всего— позиций католической церкви, значительно подорванных реформацией. В 1540 г. папа Павел III утвердил орден иезуитов, ставший главным орудием реакции и католического мракобесия; в 1542 г. в Риме был создан центральный инквизиционный трибунал во главе с грозным кардиналом Караффой, будущим папой Павлом IV. В 1559 г. провозглашается первый индекс запрещенных книг: в него вносили все сочинения, содержащие отклонения от католических догм. Запрещенные книги сжигались, а нередко на костер отправлялись и их авторы. Еще во времена папы Пия V были выработаны жестокие и коварные методы допросов, и по всей Италии запылали костры инквизиции.
