.
В 1856 г. бухарскому эмиру удалось подчинить Шахрисябзское бекство, в состав которого входили Китаб и Яккабаг, населенные таджиками. Но через 10 лет Шахрисябз стал вновь независимым.
Южные и юго-восточные территории с таджикским населением в начале были независимыми владениями. В 1800 г. Гиссар признал зависимость от Бухары, его жители участвовали в объединенных войсках Гиссара, Андхоя и Балха в бухарских военных походах. В первой половине XIX в. названные области перестали зависеть от Бухары. Независимыми феодальными владениями стали Каратегин, Дарваз, Рушан, Шугнан, Вахан, населенные таджиками.
В 1877 г. Каратегин и Дарваз были подчинены Бухарским эмиратом.
Балх, Меймене, Андхой, Катаган сохранили самостоятельность. Здесь правили узбеки, а основные жители были оседлыми таджиками.
В середине XIX в. независимый Бадахшан распался на три самостоятельных района: Центральный с городом Файзабад, Западный – с городом Рустак, Восточный – с городом Ишкашим.
В 60-х гг. XIX в. российские войска начали продвижение в Среднюю Азию. В 1865–1866 г. пали Ташкент, Ходжент, Ура-Тюбе и Джизак.
В 1860–1885 гг. бухарский эмир захватывает Гиссар и Куляб[20].
Таджики жили на территории Бухарского эмирата, Кокандского ханства и Афганистана. В последнем таджики составляли значительную часть населения Кабула, Джелалабада, Кухистана. Они селились в домиках Пяндшира, Горбенда, Ниджроу, Кунгара, Хосты. На севере Афганистана вместе с таджиками селились узбеки.
В Бухарском эмирате и Кокандском ханстве таджики жили в сельской местности и городах Самарканд, Ходжент, Бухара, Ура-Тюбе, Гиссар.
Таджики составляли большинство в верховьях рек Чирчик и Зеравшан и горных долинах, отделяющих Зеравшан от Сырдарьи. Их соседями были узбеки, казахи, киргизы.
В XIX в. отмечались переселения таджиков из Бухары и Самарканда в пределы Кокандского ханства и наоборот. Таджики утратили родовое деление и селились как отдельными анклавами, так и смешанно с другими народами, в том числе и с узбеками, селившимся с учетом их родоплеменного состава[21].
В правление Абдулло-хана Шейбанида (1583–1588) был завоеван Бадахшан, Ташкент и Хорезм. Из Самарканда он перенес столицу в Бухару, а ханство стало называться Бухарским, куда входили Самарканд, Ташкент, Бухара, Карши, Мианкальская долина, Балх, Гиссар.
При шахе Персии Аббасе I Сефевиде (1587–1628) была завоевана значительная часть Хорасана. Казахский хан Тевеккель захватил Ташкент. Из-за отсутствия наследников прервалась династия Шейбанидов. Феодальная аристократия, в связи с гибелью наследников-шейбанидов, возвела на престол старшего сына Джонибека Дин-Мухаммеда Аштарханида. Этим было положено начало правления династии аштарханидов.
