С началом войны Николай Николаевич принял твердое решение вернуться на военную службу, чтобы принять личное участие в борьбе против агрессора. Но исполнение этого решения натолкнулось на отчаянное сопротивление 83-летнего отчима. После смерти дочери, жены и невестки, отъезда взрослых внуков он боялся остаться совсем один без защиты от поползновений со стороны нелюбимых им алчных родственников. Князь категорически запретил Николаю Николаевичу покидать его, грозя в противном случае лишить пасынка наследства. Но эта угроза не заставила Николая Муравьева старшего изменить свое решение. Он вернулся на военную службу. В звании полковника занимался формированием ополчения в Поволжье, а затем отправился в действующую армию. К счастью для него и его семьи, отчим перед своей смертью в 1813 году лишь отчасти осуществил свою угрозу, отняв у Муравьева небольшую долю наследства и оставив ему значительное состояние, включая московскую усадьбу на Большой Дмитровке и почти уже родное для семьи Долголядье (оно же Осташево, оно же Александровское).
Н. Н. Муравьев-отец участвовал в кампании 1813 и 1814 годов и вернулся на родину генерал-майором и кавалером золотой шпаги «За храбрость». В 1815 году Николай Николаевич оставил военную службу. Он решил реализовать свою довоенную задумку об организации учебного заведения для подготовки колонновожатых – то есть кадров для корпуса офицеров Генерального штаба. После смерти отчима и получения наследства у него были для этого необходимые средства. В своем доме и на свои деньги Николай Николаевич организовал и возглавил учебное заведение для колонновожатых. В качестве своего заместителя он привлек сына Михаила, который лечился от тяжелого ранения (об этом ниже) и к строевой службе не годился. В 1816 году начальник Генерального штаба князь П. М. Волконский провел слушателям Николая Николаевича экзамен, на котором присутствовал лично, и остался «весьма доволен». Николай Николаевич был приглашен вернуться на службу в звании генерал-майора по квартирмейстерской части и в должности начальника Московского учебного заведения для колонновожатых, которое теперь имело официальный статус. И это при том, что оно было организовано частным лицом и по-прежнему содержалось на частные средства. Этот пример почти на 200 лет предвосхитил кампанию по пропаганде частно-государственного партнерства, развернутую в России в XXI веке. Правда, частные лица, которые были бы готовы к партнерским отношениям с государством бескорыстно, только из стремления к благу Отечества, редкие и в ту пору, сегодня, похоже, перевелись окончательно.
