Волга тогда была перерезана неприятелем сразу в нескольких местах и, по образному выражению одного из участников событий, она «превратилась прямо в слоёный пирог». Неспокойно было также и в самой Астрахани, где размещалась главная база флотилии. В мае войска Деникина вышли к Царицыну и на дальние подступы к Астрахани. С другой же стороны — на город нацелилась отдельная Уральская армия, а с Каспия угрожали ей корабли вражеского флота.
Ленин был очень обеспокоен положением дел в Астраханском крае, и командированному туда чрезвычайному уполномоченному Совета Труда и Обороны А. И. Рыкову сообщал:
«На днях Раскольников и специальная комиссия выедет в Астрахань для обследования позорно-трусливого или преступного бездействия и поведения. Абсолютно все меры, чтобы не сдать Астрахань, должны быть приняты».
Командующему Морскими Силами Республики Е. А. Беренсу прибывший в Астрахань Раскольников докладывал: «Принял флотилию в расстроенном состоянии… Принимаются все меры для приведения всей флотилии в состояние боевой готовности».
Реорганизация наличных сил была проведена им в кратчайшие сроки. По предложению Раскольникова все корабли, действовавшие на Волге и Каспии, приказом Реввоенсовета Республики были объединены в составе образованной Волжско-Каспийской военной флотилии, в которую в августе входило 122 боевых судна. Слаженные действия всех сил флотилии, умелое руководство Раскольникова, героизм моряков помогли 11-й армии удержать охваченную эпидемией, испытывающую резкую нехватку продовольствия, медикаментов, боеприпасов, горящую от воздушных бомбежек Астрахань. В эти трудные месяцы непрерывных сражений родилась и окрепла дружба Раскольникова с Сергеем Мироновичем Кировым, возглавлявшим оборону города. Фёдор участвовал в боях под Царицыном, Чёрным Яром и в обороне Астрахани, а после взятия Баку и провозглашения советской власти в Азербайджане он был назначен командующим морскими силами Каспийского моря, а затем командующим Азербайджанским флотом.
Всё побережье Каспия, вплоть до границы с Персией, было освобождено от белогвардейцев и интервентов, и только на южном, персидском берегу всё ещё находились английские войска — сильный гарнизон был в Реште, около двух тысяч солдат и офицеров с артиллерией, бронеавтомобилями и авиацией располагались в Энзели, в порту которого базировался военный флот белогвардейцев и находились корабли, уведённые белогвардейцами Деникина из русских портов, а в береговых складах лежало имущество, вывезенное из Петровска и Баку.
