В середине XVI века Ямской приказ выделился из Казны княжеской. Он ведал организацией и поддержанием ямов, управлял ямскими слободами, выдавал подорожные грамоты, с 1613 года собирал «большие ямские деньги», а с 1670-х годов и ряд других налогов.
Первое письменное упоминание о системе почтовой связи на Руси относится к середине XVI века. Сигизмунд Герберштейн в «Записках о Московии» 1549 года писал: «Государь имеет ездовых во всех частях своей державы, в разных местах и с надлежащим количеством лошадей, так, чтобы, когда куда-нибудь посылается царский гонец, у него без промедления наготове была лошадь. При этом гонцу предоставляется право выбрать лошадь, какую пожелает».
Другой путешественник Станислав Немоевский в «Записках» от 1606 года: «Гонцы обязаны, с часа на час, делать в день по 20 миль (около 100 км), и они столь невозможное дело выполняют в короткое время, хотя за это для них нет никакой признательности, но – кара: кнут и тюрьма». Далее он описывал, что ямы (почтовые станции) располагались друг от друга на расстоянии от 6 до 20 миль (30—100 км). При этом путешественники разных сословий, исполняющие волю Великого князя, могли менять на ямах разное количество лошадей: «простой человек мог взять лишь одного коня; сын боярского сына – три; а которому на подорожной от Великого князя напишут с «вич», например – Борис Васильевич, тому шесть. Сыну с отчеством, то есть какого-нибудь большого думного – 15, думному князю – 30».
В начале XVII века, при Борисе Годунове (1598–1605), в Ямском приказе были сосредоточены все дела по ямской гоньбе. В те времена почта при благоприятных условиях шла от Москвы до шведской границы три недели, но в распутицу на это уходило гораздо больше времени.
Царь Василий Шуйский (1605–1610) каждые восемь дней получал известия о том, что творится на границе и в других местах страны.
Шотландец Патрик Гордон, генерал русской армии, писал уже в конце того же века, что почта из Москвы, например, в Ригу отправлялась каждые две недели; генерал получил в Москве письмо, направленное из Смоленска, через 10 дней, а находясь в Лондоне – письмо от жены, которое дошло из России за 43 дня; письмо от отца из Шотландии шло до Лондона 33 дня.
В 1681 году дела Ямского приказа было велено отдать в Стрелецкий приказ. В 1711 году Ямской приказ был упразднён, а его функции передали Ямскому столу при Управлении Московской губернии. Однако дело не пошло, и в 1720 году приказ был восстановлен, а в 1722 году поставлен под начальство вновь учреждённого генерал-почт-директора. 8 июля 1723 года он был переименован в Ямскую канцелярию.
