В те годы некоторые уважаемые европейские эксперты настолько увлеклись фетишизацией утонченности тутси, что попытались переплюнуть и Спика, выдвигая разнообразные гипотезы о том, что «раса господ» Руанды, должно быть, была выходцами из Меланезии, затерянного города Атлантиды или — по словам одного французского дипломата — даже из космоса. Но для бельгийских колониалистов эталоном оставался хамитский миф, и они, управляя Руандой более или менее совместными усилиями с Римской католической церковью, принялись радикально перестраивать руандийское общество согласно так называемым этническим линиям. Монсеньор Леон Класс, первый епископ Руанды, горячо выступал за лишение хуту прав и укрепление «традиционной гегемонии благороднорожденных тутси». В 1930 г. он предостерегал, что любые попытки замещать вождей тутси «неотесанными» хуту «привели бы все государство к анархии и резкому антиевропейскому коммунизму» и, добавлял епископ, «у нас нет вождей более образованных, более разумных, более активных, более способных ценить прогресс и более полно принятых народом, чем тутси».
К идее Класса прислушались: традиционные административные структуры «одного холма», те, что давали хуту последнюю надежду на хотя бы местную автономию, систематически расформировывались, а элитам тутси вручалась почти неограниченная власть эксплуатировать труд хуту и взимать с них налоги. В 1931 г. бельгийцы и церковь низложили мвами, которого сочли слишком независимым, и возвели на трон нового, Мутару Рудахигву, который был со всем тщанием отобран среди возможных претендентов за свою уступчивость. Мутара с готовностью обратился в католичество, отказался от своего божественного статуса и тем самым дал начало повальной моде на крещение, которая вскоре превратила Руанду в самую католицизированную страну в Африке. Затем, в 1933–1934 гг. бельгийцы провели перепись с целью ввести «этнические» удостоверения личности, которые определяли каждого руандийца либо как хуту (85%), либо как тутси (14%). Эти удостоверения почти полностью лишили хуту возможности становиться тутси и позволили бельгийцам усовершенствовать управление системой апартеида, опиравшейся на миф о превосходстве тутси.
Таким образом, приношение пастухов-тутси пользовалось благосклонностью в глазах колониальных господ, в отличие от приношения земледельцев-хуту. Верхний слой тутси, довольный властью и боящийся оказаться мишенью тех самых злоупотреблений, которые сам допускал и поддерживал в отношении хуту, принял свое господство как должное. Католические школы, доминировавшие в колониальной образовательной системе, практиковали открытую дискриминацию в пользу тутси, и тутси наслаждались своей монополией на административные и политические посты, в то время как хуту могли лишь наблюдать, как сокращаются их и без того уже ограниченные возможности выдвинуться. Ничто так ярко не определяет это разделение, как бельгийское изобретение — режим принудительного труда, который требовал, чтобы хуту массово вкалывали, как рабы, на плантациях, строительстве дорог и лесозаготовках, и ставил над ними тутси в роли надсмотрщиков. Десятилетия спустя один престарелый тутси в разговоре с репортером вспоминал подход бельгийского колониального режима такими словами:
