В тишине и спокойствии женского монастыря сестра Хуана продолжила писать стихи, пьесы, сатиры, трактаты и многое другое. Она стала критиковать поведение священнослужителей и поставила под сомнение идею о том, что они равны Богу, а также имела смелость утверждать, что у каждого человека могут быть отношения с Господом. Она переосмыслила доктрину, которую сочла сексистской, чтобы та больше соответствовала ее пониманию равенства женщин перед Богом. Она также утверждала, что женщины, по сути, не уступают мужчинам по интеллекту, — и даже это многие до сих пор не могут осмыслить в наши смутные времена, Она писала песнопения (гимны) в честь великих исторических женщин, вроде Святой Екатерины Александрийской. Но, пожалуй, лучшим ее поэтическим произведением стало знаменитое стихотворение «Глупые мужчины», в котором рассказывается о том, какие мужчины глупые. В ответ на публичное осуждение она даже написала, что, несмотря на то, что Иисус был мужчиной, виноваты в его смерти другие невежественные мужчины, такие же, как те, кто теперь ее несправедливо преследует, и это, если честно, очень неприятно. «О, скольких бед могли бы избежать эти земли, если бы женщины тоже могли получать образование», — писала она.
Сестра Хуана искусно защищалась от угроз инквизиции. Будучи гораздо умнее всех священнослужителей в своем окружении, она писала убедительные доказательства того, что она рассуждает на светские темы, а не на религиозные, по той причине, что — внимание — недостаточно умна, чтобы понять такие важные потусторонние предметы. Да, она выучила латынь за несколько недель и написала мифическую поэму на 975 строк об эпических пропорциях, которую в Испании признали литературным шедевром. Просто она недостойна со своим простым девчачьим умом писать обо всяких божественных вещах, о которых хотела бы от нее слышать церковь.
Несмотря на блестящую красноречивую защиту, единственным способом избежать пыток было подписать декларацию, в которой она раскаивается в своих прошлых позорных проступках и которая написана ее собственной кровью и подписана «Yo, la peor de todas», что значит «Я, худшая из них всех», или даже «Я, худшая из всех женщин». (Что одно и то же, конечно.) Церковь забрала и распродала ее огромную коллекцию, в которой насчитывалось от 1000 до 2000 книг, а также музыкальные инструменты и научные приборы, а когда в 40 с лишним лет она умерла от болезни в монастыре, ее рукописи были сожжены, чтобы ее идеи не бросали непристойной тени на историю церкви и Новой Испании.
