Борис Михайлович Шапошников, бывший полковник Генерального штаба царской армии, был из когорты тех военспецов, которые пришли в Красную Армию и отдали все свои силы и знания молодой республике. В 1918 году он добровольно вступил в РККА. Руководил разведывательным, а потом оперативным управлениями полевого штаба РВСР. Принимал самое непосредственное участие в разработке планов разгрома Колчака, Деникина, Юденича, Пилсудского. После Гражданской войны командовал войсками Ленинградского, Московского, Приволжского военных округов, три года возглавлял Генеральный штаб РККА. Авторитет его в армии был необычайно высок, а после выхода в свет трехтомного труда «Мозг армии» Борис Михайлович занял место одного из ведущих теоретиков.
Образованнейший военачальник, обладавший большими и разносторонними знаниями, человек высокой культуры, Шапошников развернул в академии серьезную работу по улучшению учебно-методического процесса, повышению уровня знаний не только слушателей, но и преподавательского состава. Разработанные под его руководством учебные планы отличались большой продуманностью, полноценным содержанием.
Несмотря на то что в академии преподавали лучшие теоретики, методисты, Шапошников особое внимание уделил подготовке профессорско-преподавательского состава. Кроме ежегодных общеакадемических сборов, где изучались новые образцы боевой техники, вопросы военного строительства, были установлены дни командирской подготовки, проводились занятия по иностранному языку и ежегодные пятидневные оперативные игры.
Столь серьезное отношение к подготовке преподавателей объяснялось еще и тем, что состав слушателей стал намного образованней. Особенно в этом отношении выделялись слушатели академических курсов.
На них Ватутин познакомился с Ф.И. Толбухиным, А.И. Антоновым, И.С. Коневым. Вместе они с увлечением играли в военные игры друг против друга.
Шапошников лично курировал курсы, читал слушателям лекции, проводил иногда практические занятия, военные игры. Серьезнейшее значение придавалось изучению новой боевой техники во вновь оборудованных технических классах, при этом ее изучение увязывалось с освоением теории глубокого боя, операции. Именно тогда будущие полководцы впервые услышали о массированном применении танков, авиации, артиллерии на направлении главного удара и организации взаимодействия при прорыве полевой и долговременной обороны.
В оперативно-тактической подготовке делался упор на вопросы управления войсками. От слушателей курсов требовалось, чтобы они, выступая в роли общевойсковых командиров, могли не только принимать правильные решения, но и ставить задачи частям различных родов войск, организовывать между ними взаимодействие и контролировать выполнение своего решения. Шапошников значительно изменил ход проведения практических занятий. До него в процессе обучения доминировали групповые упражнения. Он же ввел военные игры на карте. Руководил ими, как правило, сам и был убежден, что именно игры лучше всего развивают оперативное мышление.
