26 июня 1946 года генерал-майор направил члену Военного совета СВАГ Ф. Е. Бокову (еще один приверженец решительных шагов по избавлению от «неподходящих») докладную записку о кадрах СВАГ, написанную эмоционально и жестко. Это своего рода четырехстраничный манифест «Как нам обустроить СВАГ»: «Если мы серьезно думаем проводить политику завоевания немецкого народа на нашу сторону, если мы хотим обеспечить на долгие годы наши государственные интересы в Германии, если желаем добиться переориентации Германии на Восток, то нельзя не поставить со всей серьезностью вопрос о наших советских людях в Германии, их деятельности, поведении и способности обеспечить здесь наши государственные интересы».
Абсолютное большинство работавших в СВАГ, писал Колесниченко, без всякого отбора (а многие просто случайно), совершенно неожиданно для себя очутились в положении «ответственных работников за границей». До войны командировки за границу сопровождались «тщательной проверкой и утверждением ЦК ВКП(б)… Сейчас же поездка в Германию через иностранные государства Польшу или Чехословакию по сложности почти равносильна поездке из Москвы в Тбилиси или Куйбышев, не говоря уже о том, что абсолютное большинство советских людей осталось здесь в оккупационных войсках сразу после окончания войны и никакой поверке не подвергалось». А потому «нужна хорошая „встряска“, нужна серьезная чистка».
Колесниченко, конечно же, уповал на ЦК ВКП(б). Он считал, что нужно просить высший партийный орган прислать авторитетную комиссию. Под ее руководством в каждом соединении и учреждении создать еще и свои «политические комиссии». Эти комиссии, по замыслу энтузиаста поголовной чистки, должны были проверить сначала всех генералов и офицеров, решительно отсеять всех негодных и неспособных, а после – заняться рядовыми и сержантами. И тоже поголовно всеми. Колесниченко предвидел, что против его «предложения о радикальной проверке людей и чистке будут возражения», постольку знал: такие меры по отношению к боевым офицерам и вообще к «своим» многие не одобрят92, даже начальство. Не могла не насторожить руководство СВАГ и апелляция к ЦК (все выносилось за порог), и непонятные «политические комиссии», и уж тем более – проверки генералитета.
Но и пропускать мимо ушей такой политически острый сигнал командование не могло. Колесниченко вполне мог (имел право) отправить свой «манифест» как член партии непосредственно в ЦК ВКП(б). Поэтому Главноначальствующий пустил в ход «программу Колесниченко», но убрал из нее некоторые принципиальные детали. Привлекать ЦК к достаточно деликатной операции не стали, как не стали «чистить» всех поголовно, особенно генералов. 12 июля 1946 года Главноначальствующий СВАГ издал приказ о проверке аппарата СВА
