Переходом в другую веру дело не ограничилось. Были приняты законы о чистоте крови, которые должны были помешать крещеным евреям занимать определенные посты и пользоваться привилегиями. Возобновившийся конфликт с османами ухудшил отношение в Испании к морискам (формально перешедшим в христианство мусульманам). В 1568–1571 годах, в ответ на запрет говорить на своем языке и носить традиционную одежду, мориски Гранады подняли восстание, тщетно ожидая помощи от османов, и были жестоко подавлены. Очень многие были убиты, в том числе военными отрядами, собранными испанской знатью.
Общественные волнения возникали в ответ на попытки навязать в качестве идеологической нормы авторитарный католицизм. В сельских регионах Испании настойчиво воплощали в жизнь постановления Тридентского собора (1545–1563). За их исполнением на практике в 1560-х и 1570-х годах бдительно следила Священная канцелярия – инквизиция. Хотя скорость и масштабы осуществления реформ были неодинаковыми, тех, кто придерживался иных взглядов, судили без всякого снисхождения. Лукреция де Леон, молодая женщина скромного происхождения, родившаяся в 1568 году, с юных лет видела пророческие сны. Ее последователи считали ее боговдохновенной провидицей. Сны критиковали правление Филиппа II. В 1588 году она видела три сна, в которых семиголовый дракон – семь смертных грехов – опалял гибельным огнем всю Испанию. Филипп приказал инквизиции арестовать ее по обвинению в ереси и подстрекательстве к мятежу, и она была подвергнута пыткам и заточена в монастыре. Основная задача инквизиции – блюсти правоверие среди христиан.
На землях короны Арагона в конце XVI и начале XVII века частые аутодафе (сожжения), организованные по распоряжению инквизиции, пользовались популярностью, поскольку казнили в основном чужаков. В королевстве Валенсия весьма благосклонно относились к стремлению инквизиции подавить крайние проявления лжеучения, и даже в XVIII веке эта организация продолжала привлекать впечатляющее количество новых членов. Но вместе с тем религиозное напряжение изматывало людей и усиливало чувство неопределенности и кризиса.
На международном уровне Испания поддерживала католические интересы, особенно во Франции, на Британских островах и в Священной Римской империи. Основатель Общества Иисуса, или Ордена иезуитов, Игнатий де Лойола был испанцем. Освященное место его рождения можно посетить в Гипускоа.
В глобальном масштабе имперские успехи Испании не имели себе равных. Размах деятельности Испании и множество вызванных этим проблем и трудностей помогают лучше понять, почему страна продолжала все больше зависеть от сторонней военной поддержки, от частных ресурсов и капиталов, необходимых для продолжения военных действий. Испания лучше своих врагов была подготовлена к крупномасштабной затяжной войне, поскольку имела преимущество в виде серебра из Нового Света и доступа к кредитам. Кроме того, будучи композитной монархией, она могла мобилизовать ресурсы своих составляющих частей и, используя «мягкое влияние», перетягивать на себя ресурсы других государств. Эти достоинства и преимущества в раннее Новое время перевешивали недостатки.
