Имперские успехи помогали знати не сидеть без дела и давали возможность занимать правительственные должности. Изабелла принесла с собой стабильность. Но конечно, порой между королевской властью и знатью возникали противоречия, особенно когда монархи стремились расширить свои полномочия. Аристократов смещали с занимаемых позиций и лишали права местного управления, как это произошло, например, когда Изабелла отобрала Кадис (1492) и Картахену (1503) у их знатных владельцев или когда она приказала убрать крепостные башни с домов знати в Касересе. Главное положение в Испании занимала Кастилия, где в 1500 году проживало 5,5 миллиона человек – около 80 % населения страны.
Дочь Фердинанда и Изабеллы Хуана (пр. 1504–1555), мать императора Священной Римской империи Карла V (Карла I Испанского), была важнейшей фигурой в династической политике ренессансной Европы. Овдовевшая Хуана по праву наследования номинально правила Испанией, Северной и Южной Америкой, Неаполем и Сицилией. В действительности из-за расстройства психики она не могла распоряжаться даже своей домашней прислугой. Психическое нездоровье Хуаны беспокоило ее окружение по религиозным причинам: согласно тогдашним представлениям, монарх, не способный управлять страной, очевидно, чем-то разгневал Бога, и если не разорвать связь между Хуаной и подданными, то прегрешения ее могут помешать всеобщему спасению. Божественной волей, проявившейся в безумии королевы, объясняли и оправдывали последовавшее отстранение Хуаны. Этот случай способствовал изменению характера королевской власти в Испании – при первых Габсбургах единоличное правление монарха сменилось правлением императорского семейного клана. После смерти Изабеллы в 1504 году именно Хуана унаследовала Кастилию, но, пока Карл не достиг совершеннолетия, регентом при нем был Фердинанд.
Конец владычества Кастилии, поглощенной империей Карла, вызвал политический кризис в конце 1510-х – начале 1520-х годов. И сам Карл нисколько не помогал смягчить ситуацию: говорил на французском языке, слушал иностранных советников, вводил новые налоги и разрушал существовавшую сложную систему покровительства. Восстания комунерос (Comuneros) в Кастилии (1520–1521) и более радикальных в социальном смысле херманиас (Germanías; братств) в Валенсии (1519–1520) и на Майорке (1522–1523) были подавлены. Важную роль здесь сыграла битва при Вильяларе в 1521 году. Комунерос потеряли поддержку аристократии, и это было основной причиной поражения: кастильская знать холодно восприняла растущий социальный радикализм движения и, привлеченная на сторону Карла перераспределением королевских милостей, отказалась от вооруженной поддержки и руководства над армией восставших в Вильяларе. Хуана тоже не поддержала движение, и Карл смог восстановить свою власть. Лидеры комунерос были обезглавлены в Сеговии, одном из центров восстания. Другими центрами были Толедо и Вальядолид.
