С возвращением СССР в ВОЗ и возрастанием его влияния в международных организациях, а также в связи с ростом числа новых, освободившихся от колониальной зависимости стран Африки и Азии, а позднее и стран Карибского бассейна, Фонд начал всё больше удаляться от ВОЗ. Причём кажется парадоксом, что произошло это именно тогда, когда у руководства этой организации, с 1953 по 1973 гг., стоял Марколино Гомес Кандау, бразильский доктор, бывший стипендиат Фонда Рокфеллера, работавший в своё время в МОЗ, то есть человек из его круга. Но, опять же, Фонд исходил из того, что, поскольку его подход борьбы с болезнями здесь прочно укоренился, активное присутствие его было излишним.
Усилия по борьбе с малярией финансировались теперь в основном правительством США (и некоторыми другими), за счёт «добровольных» взносов, а не регулярных взносов стран-членов, что ещё дальше отодвинуло Фонд от ВОЗ. Период, когда он был главным советником, закончился, и ВОЗ превратился из организации, руководствующейся приоритетами и повесткой дня Фонда, в организацию, подчиняющуюся влиятельным, гораздо более крупным донорам, в первую очередь самим США.
В целом деятельность ВОЗ всё больше усложнялась. В условиях холодной войны к её структурам присоединились двусторонние учреждения, международные финансовые учреждения и другие учреждения ООН, а также большой круг гуманитарных и неправительственных организаций (НПО). В рамках своего политического и идеологического соперничества страны-представители двух систем инвестировали в создание инфраструктуры здравоохранения, строили больницы, клиники и фармацевтические заводы, спонсировали тысячи научных стипендий и участвовали в кампаниях по борьбе с болезнями, сопоставимых с кампаниями, проводимыми Фондом Рокфеллера.
Советские специалисты принимали всё более активное участие в создании и осуществлении подавляющего большинства программ ВОЗ, работая в качестве экспертов, консультантов и сотрудников этой организации в штаб-квартире ВОЗ, её региональных бюро и непосредственно в странах-членах организации. По инициативе СССР IX Всемирная ассамблея здравоохранения в 1958 г. приняла программу ликвидации в мире оспы, а в 1980 г. XXXIII сессия ассамблеи провозгласила победу над этим заболеванием. СССР внёс существенный вклад в это дело, направляя в ВОЗ и в некоторые страны экспертов и консультантов, а также безвозмездно поставляя им на протяжении многих лет противооспенную вакцину.
