А затем Петр вторично нарушил свою клятву, передав Алексея палачам из своего Преображенского приказа для пыточного следствия, причем сам принимал участие в этих жестоких допросах, выбив из сына еще и признание об участии в заговоре его матери и бывшей жены Петра Евдокии Лопухиной. Новая группа сотрудников Преображенского приказа была направлена в Суздаль, ей руководил Скорняков-Писарев. После ее «розыска» бывшую жену Петра Евдокию, уже постриженную к тому времени в монахини, заточили в крепость под арест, а ее выявленных сторонников Глебова и ростовского епископа Досифея предали жестокой казни. Это именно на помогавшего тайной переписке опальной царицы со сторонниками ее любовника Глебова Петр потребовал перед посажением их на кол надеть теплую шубу для продления мучений казнимого. За суздальское дело Скорняков-Писарев получил повышение, а когда Петр Толстой возглавил Тайную канцелярию, стал его первым помощником. В результате своеобразных оперативно-следственных действий петровского сыска царевич Алексей даже не дождался оглашения смертного приговора, он скончался от пыток в Трубецком раскате Петропавловской крепости 26 июня 1718 года.
Этот первый случай заведения дела сыском на наследника престола в Российской империи, да и все «дело царевича Алексея и русской партии при дворе» стали наиболее темными страницами Петровской эпохи правления наряду с массовыми смертями при строительстве Петербурга, гонениями на старообрядцев и разгульными пьяными оргиями при дворе Петра. Именно за это главного царя-реформатора в России не могут простить многие историки и просто российские граждане, и к этим мрачным страницам прямое отношение имеет созданный Петром политический сыск в виде Преображенского приказа.
О Петре Великом и его эпохе в исторической и художественной литературе написано очень много и с разных позиций. От тех авторов, кто одновременно с признанием небесспорности его фигуры продолжал настаивать на величии его дела и личности (А.Н. Толстой), до тех, кто считал Петра исчадием ада и антихристом на российской земле (Д.С. Мережковский). Это представители историко-художественной литературы, профессиональные историки, как обычно, более беспристрастны и потому нейтральны. Но ни в одном печатном сочинении о Петре и его правлении вы не найдете хвалебных слов в адрес его действий в деле царевича Алексея. Если жестокую и вероломную расправу со «старорусской оппозицией», стоившую жизни таким одаренным государственным мужам, как Александр Кикин, сторонники Петра еще сквозь зубы оправдывают исторической необходимостью прорыва «через окно в Европу», то при упоминании об участи молодого царевича обычно смолкают смущенно и самые ярые апологеты Петра. Как и в обвинениях в адрес самого Петра по поводу его пристрастия лично присутствовать при пытках и рубить головы осужденным «государевым преступникам», в истории расправы с Алексеем отсутствует даже прагматический мотив: он уже всех сторонников выдал, сам от престола отрекся и, поверив отцу, собирался отбыть в вечную ссылку из столицы. Вместо этого и без того лишенного будущего трона, друзей юности, любимой женщины, матери, да и вообще всего привычного уклада 27-летнего молодого человека то ли забили насмерть на очередном допросе, то ли удавили в камере, то ли заставили выпить яд. Наверное, Петру в его деле Преображенский приказ с его сверхжесткими методами и обширными полномочиями и был необходим. Но с наших сегодняшних позиций — это такое же жестокое и слепое орудие государственного террора, как опричники Грозного.
