Как и в истории с опричниной новое детище Петра в лице Преображенского приказа со временем возвысилось над другими органами власти в России, так происходило со всеми архаичными прообразами тайных полиций в Европе в те времена. От сыскного и следственного органа чувствовали себя зависимыми даже первые лица в государствах и фавориты царя, дипломаты, хозяйственники, военачальники, руководители не менее значимых в государстве министерств. Рецидив такой болезни излишнего возвышения тайного сыска и сейчас дает о себе знать во многих современных государствах. Когда Петр, увлеченный своими реформами и затяжной Северной войной со Швецией за выход России к Балтийскому морю, вдруг узнал о размахе коррупции среди самых обласканных им фаворитов и сподвижников, именно его Тайному приказу было поручено следствие.
Это дело 1713 года о злоупотреблениях при распределении государственных заказов было первым в России политическим процессом против представителей элиты не в связи с государственной изменой, а по обвинению в коррупции. По тогдашней традиции после следствия в приказе дело было передано для суда специально созданной для этого Петром коллегии во главе с фельдмаршалом Долгоруким. Поскольку все фигуранты по делу действительно были любимцами Петра Великого и имели на тот момент перед ним несомненные заслуги (Меншиков, Апраксин, Брюс, Кикин, Головкин и другие «птенцы гнезда Петрова», как назовет их впоследствии Пушкин), то все закончилось для них символическими приговорами и конфискацией неправедного дохода. Впоследствии некоторые более мелкие процессы по коррупции, начатые следствием Преображенского приказа, закончатся более серьезно для подследственных, по такому процессу за казнокрадство будет повешен первый сибирский губернатор князь Гагарин в 1718 году.
Помимо высокопоставленных коррупционеров, через застенки этой тайной полиции Петра прошли многие участники движения раскольников, сторонники опальной сестры царя Софьи, участники заговора стрельцов Федора Шакловитого, которого после допросов в приказе на плаху отвезли уже безумным. Самым же масштабным политическим процессом стало дело по разгрому «русской оппозиции» царю, недовольной резким европейским креном российской жизни и отходом от старорусских традиций. Это дело известно в истории как «процесс царевича Алексея».
После того как примкнувший к «русской партии» Кикина и Афанасьева наследник престола и сын Петра Алексей бежал от отца в Европу и укрылся у австрийского императора, он был выманен в Россию многоходовой и уникальной для того времени разведывательной операцией, речь о которой пойдет ниже. По прибытии беглого наследника в Россию в 1718 году Петр вероломно нарушил данное ему при уговорах о возвращении обещание полного прощения, заставив для сохранения собственной жизни назвать на следствии участников «русского заговора». Эти заговорщики между тем ни переворота, ни убийства Петра не замышляли, а лишь ждали его естественной смерти для приведения к власти союзного им по взглядам царевича Алексея. После варварских пыток бывший любимец царя Александр Кикин и его сторонники были четвертованы.
