Преображенский приказ имел меньший круг обязанностей, чем Тайный приказ Алексея. Он так же сосредоточил в своих руках политический сыск и следствие по государственным делам, а также и по части уголовных дел, но так же был отсечен от судебной процедуры. Как и алексеевский Тайный приказ, он был основан на системе «Слово и дело» и также в вопросе сбора доказательств опирался на пыточные методы, во главу обвинения ставя признание вины самим обвиняемым. От множества побочных, контрольно-хозяйственных функций он, в отличие от приказа Алексея, был освобожден. Но и на одном только тайном сыске сосредоточиться приказу тоже не довелось, настоящей спецслужбой он так и не стал. Помимо политического сыска за Преображенским приказом оставался еще контроль за набором рекрутов и вопросами материального снабжения русской армии, а также некоторые функции управления двором царя.
При этом уже в первые годы правления Петра I усилилась работа по преследованию церковных раскольников, пик репрессий против которых пришелся именно на эпоху царствования Петра Великого, получившего за это от старообрядцев прозвище Антихрист. Это в эти годы с раскольников брали издевательский ежегодный налог на право носить бороду и заставляли их носить на одежде для отличия желтый лоскут, превращая в изгоев в собственной стране. Именно в петровские времена зачаточный тайный сыск в Российской империи обрушился на сторонников старого канона веры с поистине свирепой яростью. Именно тогда из России раскольники бежали целыми селами и областями, образуя за границей целые колонии-поселения (как в польской области Ветка) и свои настоящие эмигрантские центры, которые затем перейдут к настоящей подпольной борьбе с «антихристовой» властью взамен прежнего пассивного сопротивления.
Эта сейчас еще мало популярная в нашей истории тема борьбы разных ветвей раскола против власти и ее сыска будет актуальна еще два столетия после смерти главного гонителя старой веры Петра Алексеевича. Сегодня нам уже трудно понять, как такая многовековая драма церковного раскола началась из-за вопросов, тремя или двумя перстами креститься и нужно ли писать «Иисус» вместо прежнего «Исус». При первых же Романовых это движение раскольников было для их власти первой по-настоящему идейной и упорной оппозицией снизу, из народных масс, а не из придворных группировок по разделу власти. Это первое в России идейное подполье со своей тайной структурой и с неистовыми идеологами и поднаторевшими в конспирации организаторами сопротивления власти. Такими как монах Варлаам или автор множества подметных листов и книг о «Петре-антихристе» Григорий Талицкий, после долгих розысков в 1700 году изловленный Преображенским приказом и казненный.
