В пользу некоторой специализации приказа в деле тайного сыска говорит и факт постоянного присутствия его руководителя, «дьяка тайных дел», при приеме в Москве новых иноземных послов, здесь даже просматривается отдаленный прообраз контрразведывательных функций. Когда в 1660 году у главного российского дипломата тех лет Афанасия Ордина-Нащокина сбежал за границу сын, его при посольствах за границу на всякий случай стали сопровождать дьяки Тайного приказа, — так, на мирных переговорах в Копенгагене при Ордине-Нащокине состоял сотрудник этого приказа подьячий Казанец. После этого уже во всякую русскую делегацию дипломатов за границу стали включать представителя Тайного приказа, по-видимому, и для разведывательных целей, и для надзора за самими русскими дипломатами. Это очень похоже на прикрепленных в обязательном порядке к каждой делегации за рубеж советских граждан «людей из органов» три века спустя. А один из первых политических русских эмигрантов-невозвращенцев Григорий Котошихин, из чьих уст Европа впервые услышала тогда о Тайном приказе в Москве и о практике прикрепления его людей к посольствам, добавлял еще и такую красочную и вполне даже нам сейчас понятную особенность: даже стоявшие формально рангом выше «чистые дипломаты» из глав таких посольств часто лебезили перед представителем Тайного приказа и старались ему угодить. Котошихин добавлял также, что и в самой России полновластные в своих владениях воеводы часто так же «прогибались» перед приехавшими к ним подьячими не самых высоких чинов из Тайного приказа.
Для нас в России и сейчас все это очень узнаваемо и понятно, мало что изменилось и со времен беглеца Котошихина, и с гоголевской эпохи городничего с Хлестаковым. В целом же все эти примеры позволяют считать алексеевский Тайный приказ вторым в российской истории черновым проектом создания органа госбезопасности. Хотя и был он почти столь же экзотичен, как ивановская опричнина, а загруженность его иными государственно важными делами заметно размыла для нас, людей XXI столетия, его направленность именно в деле политического сыска.
В силу своего положения Тайный приказ со временем стал доминировать над другими, например, над Посольским приказом (прообразом будущего МИДа), Разбойным приказом (предком МВД, занимавшимся борьбой с уголовной преступностью), Разрядным приказом (тогдашним главным армейским органом, фактически Минобороны). Это вызывало недовольство руководителей этих органов управления. Возможно, в силу этого Тайный приказ не пережил своего создателя. После смерти Алексея Михайловича в 1676 году от водянки и его детище скончалось вскоре от такой же своеобразной «водянки», его распирало от множества сосредоточенных в приказе разнородных обязанностей, делая одновременно для многих пугающим и ненавистным монстром. Сын и наследник покойного царя Федор Алексеевич по совету ряда придворных упразднил этот занятный контрольно-сыскной орган.
