Когда мечты не приносили облегчения, он обращался к Богу. Он никогда не был правоверным евреем, соблюдающим обряды, но всегда оставался верующим. Бог, в которого верил Корчак, подобно Богу Спинозы, был вольным духом, мистической силой, пронизывающей Вселенную. «Меня не удивляет, что у Бога нет ни начала, ни конца, ибо я вижу Его, как нескончаемую Гармонию, — однажды написал он. — Звезды, сама Вселенная, а не священнослужитель, говорят мне о существовании Творца. У меня своя вера. Есть Бог. Человеческому уму не дано постигнуть Его сущности. Веди себя достойно и твори добро. Молись, но не для того, чтобы просить у Бога, а чтобы всегда помнить о Нем, ибо его должно видеть повсюду и во всем».
Теперь в своем горе Корчак почувствовал, что этот Бог, которому он доверял, покинул его. Не в силах понять, в чем заключался смысл смерти матери и почему умереть пришлось ей, а не ему, он составил сборник молитв «Наедине с Богом: молитвы для тех, кто не молится», в которых излил свою скорбь и ощущение покинутости. Как указал Мартин Бубер, люди, которые говорят с Богом столь доверительно, очень близки Ему.
Всего сборник включает восемнадцать молитв, и многие написаны для других, нуждающихся в утешении. Юная мать просит Бога не отнимать у нее младенца, которого он ей ниспослал; мальчишка заключает с Богом сделку: «Я буду молиться, если ты сделаешь так, чтобы отец купил мне велосипед»; старик смирился с переходом к новым тайнам; художник предполагает, что Бог был пьян, когда Он его сотворил (на трезвую голову художника не создашь); педагог ничего не просит для себя, только о руководстве и благословении Бога для своих детей. Хотя каждая молитва дана в манере выражаться, свойственной тем, кто ее произносит, в них можно различить и собственный голос Януша Корчака. В посвящении книги через автора говорит юный Генрик Гольдшмидт. «Моим любимым маме и папе. Мы расстались ненадолго, чтобы встретиться опять… Из камней ваших мук и боли и таких же камней наших предков я хочу воздвигнуть высокую башню, чтобы она послужила защитой другим. Благодарю вас за то, что научили меня слышать шепоты мертвых и живых. Благодарю вас за то, что помогли мне познать тайну жизни в прекрасный час смерти».
Польша отчаянно нуждалась в особой молитве летом 1920 года, когда русские перешли в наступление. Вынужденные оставить Киев, который они взяли в мае, польские войска под натиском небезызвестного Михаила Тухачевского отступали назад за собственную границу и дальше до пригородов Варшавы. Весь мир пребывал в уверенности, что Польша обречена.
