Вскоре в русском лагере начался страшный голод. Люди съели лошадей и собак. Они варили кожаные ремни и седла, древесную кору, пытаясь заменить этими жалкими суррогатами пищу. Вместе с голодом пришла его верная спутница — цинга, которая косила стрельцов и казаков одного за другим.
Вскоре умер и воевода князь Болховский (один из воевод — точно неизвестно, Глухов или Киреев — увез в Москву ясак и пленного Магомета-Кули).
Голод кончился лишь весною, когда «татара и остяки от новин своих рыбы и овощи и запасы принесоша, и казаки от глада насытишася». За зиму отряд убыл наполовину. Вместо свежих, здоровенных стрельцов и закаленных в боях и невзгодах казаков, прошедших огонь и воду, по Кашлыку еле бродили худые, измученные люди.
Но голод и болезни не были единственными злоключениями русских. 12 марта 1585 года большое войско карачи осадило Кашлык. Вокруг крепостных стен расположились несметные татарские таборы. Сытые, сильные всадники подъезжали на почтительное расстояние, недоступное для тогдашних пищалей, к валам крепости и, выкрикивая обидные ругательства, показывали, как они расправятся с русскими, когда возьмут Кашлык. И в самом деле, положение Ермака казалось безвыходным: что могла противопоставить многочисленной татарской рати небольшая горстка людей, еще не совсем оправившаяся от болезней и голода. Но татары просчитались: эти люди были отважны. Их возглавлял опытный и мудрый-предводитель, видевший на своем веку много сражений, не раз глядевший в глаза смерти.
Войско карачи стояло у Кашлыка до «пролетья» и причинило русским «многую гибельную проруху». Но в ночь на 12 июня (по другим источникам на 9 мая) русские, сделав внезапную вылазку, напали на главный стан карачи на Саусканской луке, убили двух его сыновей и посеяли среди татар страшную панику. Войско карачи начало разбегаться. Наутро русские окончательно разбили татар.
Что делал Ермак Тимофеевич в июне и июле 1585 года, летописи не говорят. Известно только, что 1 августа он получил известие о том, что Кучум не пропускает в Кашлык большой караван бухарских купцов. Ермак, заинтересованный в том, чтобы караван благополучно добрался до города, поплыл с небольшим отрядом в несколько десятков человек на стругах навстречу каравану. Он дошел до Вагайской луки, вошел в реку Вагай, поднялся по ней до урочища Атабаш, но, нигде не найдя бухарцев, возвратился к устью Вагая. В бурную и дождливую ночь 5 или 6 августа 1585 года отряд Ермака остановился ночевать на одном из островов Иртыша.,
