Были ошибки и у опытных врачей, в том числе и у Протасова. Он однажды признал годными двух рекрутов, которые затем воинским присутствием при казенной палате были возвращены домой. Один из них не соответствовал росту, а другой имел на руке небольшую доброкачественную опухоль. Хотя в своем объяснении Протасов и писал, что обнаруженная у рекрута опухоль не может служить препятствием для службы, так как она безболезненна и движению руки не мешает, все же он был оштрафован на пять рублей.
Протасов решил обобщить свой опыт работы в армии, а также трехлетний опыт освидетельствования рекрутов в уезде и написал в помощь врачам пособие «Начертание врачебного осмотра рекрут, притворных и утаиваемых недугов и их обнаруживания». Это пособие, направленное в Медицинскую коллегию, было напечатано в 1801 году. Оно явилось первым в России руководством по военно-медицинской экспертизе. За этот научный труд Протасов получил от Медицинской коллегии награду — 300 рублей.
Пособие, составленное Протасовым, стало настольной книгой для врачей. Написанное по-деловому четко и просто, оно давало самые, необходимые сведения по военно-медицинской экспертизе. Протасов в своей книге описывает порядок обследования рекрутов, методы получения искусственных болезней и то, как их отличить от действительных заболеваний. Раскрывая свой личный опыт, говорит о методике выявления «утаиваемых болезней» в тех случаях, когда рекрут непременно хочет попасть в армию.
Книга Протасова «Начертание врачебного осмотра рекрут, притворных и утаиваемых недугов и их обнаружения» — крупный научный вклад в отечественную медицину.
Аналогичная книга Виллие, которую несправедливо считали первым руководством по медицинскому освидетельствованию рекрутов, во многих местах текстуально повторяет целые разделы книги Протасова и вышла в свет на пять лет позже — в 1806 году.
Одной из важнейших обязанностей уездного врача была борьба с различными инфекционными заболеваниями. Хотя врачи тогда не знали, что заразные болезни вызываются микробами, они на опыте убеждались, что здоровый человек может заражаться от больных путем прикосновения, через вещи и различные предметы, а также через воздух. Все острые заразные заболевания, протекавшие с высокой температурой, они относили к горячкам. Различали воспалительные горячки, гнилые, нервные и другие. Основным методом борьбы с ними была изоляция больных от здоровых.
Протасов, работая уездным врачом, с успехом использует свой армейский опыт борьбы с инфекционными заболеваниями. Так, в 1800 году в Нязепетровском заводе возникла эпидемия гнилой горячки. Заболело 65 человек. Протасов отделил больных от здоровых в особое помещение, вылечил их и в короткий срок ликвидировал вспышку эпидемии. Он обобщил опыт борьбы с этой болезнью в специальной работе и послал ее в Медицинскую коллегию. Протасов описывал и отдельные интересные случаи заболеваний. Например, в 1798 году он сообщил в Медицинскую коллегию (в работе, написанной на латинском языке) об успешном излечении крепостного Филиппа Ефремова, который в течение десяти лет страдал тяжелым кожным заболеванием.
