Протасов не мог спокойно смотреть на это. Он, опираясь на свой опыт, написал две работы по лечению кожных заболеваний. Одна из них была посвящена ртутным препаратам и рассказывала о методах применения ртутных препаратов, а также об отравлениях, которые наблюдаются при неправильном использовании этих препаратов.
Другая работа называлась так: «Лицеочищение, или самый новейший и безопаснейший способ истреблять гнойные и красные прыщи и красноту лица и делать оное чистоты и белизны естественной с опровержением разных доселе бывших личных мазей, мыл и умываниев, яко средств или вредных, или неосновательных и бесполезных». Заголовок говорит сам за себя. Речь шла о заболеваниях, которые приводят к обезображиванию лица (к «личным безобразиям»). И в этой работе Протасов рассматривает вопрос очень широко. Он считает кожные заболевания общими заболеваниями организма, связывает их с условиями жизни людей. Красочно описывает такие факторы возникновения кожных заболеваний, как излишества в пище и пьянство, заболевания «от любострастной заразы», от цинги, от отравления ртутью. Протасов обстоятельно говорит также об особенностях различных кожных заболеваний, о методах их лечения. В каждом случае он выделяет общие методы лечения и местные средства — мягчительные и сушительные. Особое предпочтение в лечении он отдавал свиному салу, крахмалу, пудре. Все эти средства с успехом применяются и в настоящее время.
В 1803 году за научные заслуги Протасов был удостоен чина коллежского асессора. Казалось бы, впереди открывается широкое поле научной деятельности. Но в конце этого же года Протасов совершенно неожиданно получил указ Медицинской коллегии об определении его во вновь организуемую в Грузии карантинную контору. На указе была приписка: «Если откажется ехать из-за болезни, то строжайше освидетельствовать». Протасов был действительно болен. У него обострился ревматизм, открылись кровотечение из десен и раны в левой половине горла. Ехать в Грузию он отказался.
Обстоятельства сложились так, что Протасов был отстранен от работы во врачебной управе. Однако через несколько месяцев его восстановили в должности и он продолжил свою плодотворную деятельность в управе.
В 1805 году Протасов был назначен профессором патологии и терапии Казанского университета[9]. Это было логичным продолжением той большой научной деятельности, которой он занимался всю свою сознательную жизнь. Однако преждевременная смерть помешала приступить к новой работе.
