Трудности в обучении заключались в том, что не было подходящих учебных пособий. Протасов тщательно отрабатывает свои лекции, переводит для учеников наиболее важные части медицинских учебников. Так, он перевел с латинского языка на русский половину учебника по хирургии Коллизена, подготовил к изданию лекции по истории медицины, но они, к сожалению, так и не появились в печати. Позднее Протасов предложил Медицинской коллегии перевести полностью «Хирургию» Коллизена и «Фармакопею» Карпинского, но Медицинская коллегия отказалась от предложения.
О большом внимании Протасова к обучению семинаристов медицине говорит и такой факт. Девяносто тетрадей потребовалось Ивану Васильевичу для того, чтобы записать все лекции для учащихся.
Штаб-лекарь Протасов оказался талантливым лектором-педагогом. Его занятия всегда проходили живо, интересно. Много похвальных отзывов получал он о своей работе в «медицинском классе».
Кроме обучения семинаристов, Протасов бесплатно выполнял обязанности врача семинарии.
Жили семинаристы в трудных условиях, плохо питались, и заболеваемость среди них была очень высокой. В зимнее время многие из них болели цингой. Так, в 1803 году, например, почти одновременно заболели цингой 120 семинаристов! У Протасова был большой опыт в лечении цинги и он успешно справился с этим заболеванием. Цингу тогда чаще всего лечили пивом с хреном и чесноком. Теперь мы знаем, что и хрен и чеснок содержат витамин С, от недостатка которого в организме и развивается цинга. Ничего этого врачи в то время не знали и все же, опираясь на народный опыт, правильно подходили к ее лечению.
Значительную роль И. В. Протасов сыграл в развитии заводской медицины.
В начале XIX века в Пермской губернии насчитывалось 13 заводских госпиталей. По своему устройству госпитали были самые разнообразные. На некоторых заводах для госпиталей были выделены неплохие здания (Гороблагодатский, Кушвинский заводы). Врачи, как правило, добросовестно относились к своим обязанностям, но оборудованы госпитали были очень плохо. В большинстве госпиталей кровати, матрацы, одеяла, подушки были ветхими, да и тех хватало лишь на половину штатного количества коек.
В Березовском заводском госпитале, где имелось отделение для ссыльных, больные колодники вынуждены были лежать на нарах без подушек и тюфяков, «что, — как писал Ф. X. Граль, обследовавший этот госпиталь в 1803 году, — приводит к продолжению болезни, а иногда и к смерти». Граль предъявил начальнику заводов требование, чтобы к колодникам в госпитале относились по-человечески, но требование это осталось на бумаге
