Надо разрабатывать материалы по медико-топографическому описанию губернии. Для этого нужны сведения о температуре воздуха и атмосферном давлении по каждому уезду. Протасов добивается, чтобы все уездные врачи имели термометры и барометры. В самой управе по его инициативе была заведена книга, в которой ежедневно отмечались температура воздуха, атмосферное давление, осадки, сведения о вскрытии рек и т. п. Он заботится о том, чтобы во всех уездах был заведен правильный учет заболеваемости и чтобы сведения о заболеваемости присылали в управу не только врачи, состоящие на государственной службе, но и частнопрактикующие врачи. Протасов составляет первое медико-топографическое описание Пермской губернии (за 1801 год).
По предложению Протасова были приняты меры, которые улучшили судебно-медицинскую экспертизу в уездах. Он поставил вопрос об обеспечении уездных врачей инструментарием для проведения судебно-медицинских вскрытий. Уездные врачи стали представлять копии врачебных свидетельств по судебно-медицинской экспертизе в управу.
Протасов предложил усилить контроль за аптеками. В губернии тогда было две аптеки — заводская в Екатеринбурге и частная в Перми. Аптекари немилосердно грабили народ и врачей. За лекарство, как правило, брали в два раза дороже, чем полагалось. Учитывая то, что в екатеринбургской аптеке инспектор врачебной управы мог быть всего только один раз в год, во время объезда губернии, Протасов предложил поручить инспектирование аптеки екатеринбургским врачам Фелькнеру и Белошитскому. Контроль за пермской аптекой был поручен самому Протасову. О том, что аптека не удовлетворяет потребностям населения, иногда приходилось убеждаться на собственном опыте. Заболел у Ивана Васильевича сын ангиной. Он посылает в аптеку за лекарством — лекарства нет, заменил это лекарство другим — тоже нет, пришлось идти в третий раз — и опять впустую. После этого случая Протасов стал еще энергичнее добиваться того, чтобы в аптеке были необходимые лекарственные средства.
В июле 1802 года врачебная управа получила указ императора о том, что «придворный окулист профессор и доктор Рейнер отправляется в разные провинции России для безденежного пользования страждущего народа». Предполагалось, что этот ученый приедет и в Пермскую губернию. Протасов развернул энергичную деятельность. Он потребовал от уездных врачей, чтобы они подготовились к приему профессора и прислали в губернскую управу сведения о глазных заболеваниях. Врачи подготовились к встрече профессора Рейнера, но он так никуда из Петербурга и не поехал — подал в отставку.
