Имея допуск к особо важным секретам, он принял активное участие в подготовке станции метро «Маяковская» к проведению там 6 ноября 1941 года торжественного заседания Московского совета с партийными и общественными организациями, посвященного 24 годовщине Великой Октябрьской социалистической революции. На этом заседании с докладом выступил И. В. Сталин. Еще ранее по специальному проекту Мержанова и других архитекторов были сооружены надежные помещения для безопасной работы Ставки Верховного командования и правительства, расширены подземные коммуникации с выходом и выездом на поверхность в отдалении от центра города. Мержанов вместе с президентом Академии архитектуры СССР Весниным, ответственным секретарем Союза архитекторов СССР Алабяном и другими зодчими с начала войны создавал в местных отделениях Союза архитекторов специальные комиссии: военно-оборонительного строительства, военно-восстановительные, по охране исторических памятников. Координировал работу архитекторов по проектированию и строительству фортификационных сооружений, по ликвидации разрушений, по маскировке военных, важных оборонных и промышленных предприятий. Благодаря их усилиям воздвигались новые заводы, фабрики, поселки и города на Урале, в Казахстане, республиках Средней Азии, росли базы для размещения эвакуированных предприятий и населения.
Мержанов, В. Веснин, Алабян и другие внесли значительный вклад в строительство оборонительных линий вокруг Москвы и Ленинграда. Под их руководством разрабатывались и строились разборные и передвижные санузлы, бани, помещения для войск. Они готовили кадры маскировщиков, разрабатывали инструкции и пособия по маскировке, защите техническими средствами оборонных и народно-хозяйственных объектов.
Еще большая нагрузка легла на плечи Мержанова, Алабяна и оставшихся в Москве архитекторов после эвакуации основных учреждений Академии архитектуры в Чимкент.
Неиссякаемая энергия Мержанова проявлялась и на посту председателя правления архитектурного фонда Союза советских архитекторов. Он вместе с Алабяном занимался бытом архитекторов, обеспечивал их продуктами, эвакуацией в безопасные районы страны.
Имеющееся у Архфонда сухановское хозяйство было переориентировано на военное положение. Его директором стал Александр Григорьевич Анашин. Озабоченный необходимостью организовать в Суханове молочное хозяйство, то есть, прежде всего, приобрести коров, он посоветовал маститым архитекторам Алабяну и Мержанову обратиться за помощью к А. И. Микояну, с которым у них были приятельские отношения. Дело в том, что большое количество коров тогда перегонялось в глубь страны, а хозяева стад зачастую не представляли, что с ними дальше делать. И вот, недалеко от Суханова как избавители от хлопот явились перед перегонщиками маститые архитекторы, вооруженные микояновским мандатом, дающим право завернуть стадо в Суханово, передать породистый скот в ведение тамошнего хозяйства. Эта акция увенчалась успехом: 250 коров первое время обеспечивали московских архитекторов молочными продуктами.
