Понять ставку Кремля на Церковь можно — переменчивый нрав казаков был известен. Потому роль связного с Киевской митрополией была возложена на ближайшего помощника патриарха Александрийского Кирилла протосингела Иосифа. С лета 1620 года Иосиф был отправлен в Печерский монастырь к митрополиту Иову «для науки и утверждения веры».
Донесения, которые слал протосингел в Москву, докладывали о политическом состоянии дел на Малой Руси, прежде всего об отношениях казаков с ляхами. В одном из них говорилось, что казаки задержали ксёндзов, которые пытались распространять в Киеве «ляцкую веру», и гетман заявил королю, что, если и дальше будет притесняться «православная вера, и имде с королем битца до смерти».
«В таких условиях установление связей с Киевской митрополией становилось необходимым и с точки зрения русских государственных интересов, и с точки зрения интересов Русской Церкви, — считает Б. Н. Флоря, — и соответствующее решение было принято».
Спустя два года епископ Исаакий привёз в Москву такое послание: «У нас та мысль крепка, мы все под Государевой рукой быть хотим». И снизу подписи казацкой старшины и киевских мещан, а также преподавателей киевской братской школы.
Ответ они получили такой: «Сейчас Царю Михаилу начать этого дела нельзя, но Государь и Патриарх будут мыслить, как бы Православную веру и церкви Божии, и всех вас от еретиков в избавлении видеть». Не могла ещё ослабленная смутой Москва с Польшей воевать. Как и десять лет спустя Кремль был вынужден отказывать просящим о господстве из Киева.
Только спустя треть века после появления в Печерском монастыре протосингела Иосифа уже сын московского царя Михаила Романова Алексей задумался о возможности возвращения русской земли Левобережья Малороссии под своё подданство. Надо сказать, не без участия патриарха Никона.
В конце мая 1653 года Богдану Хмельницкому были присланы санджаки — символ приёма в подданство. А 2 июля была послана гетману грамота с согласием «принять войско Запорожское под свою руку», для чего началась подготовка к созыву Земского собора по «польскому вопросу», который приговорил: «Гетмана Богдана Хмельницкого и всё Войско Запорожское з городами и з землями принять».
Надо сказать, что решение это принимали всем миром, от стольников и стряпчих до дворян, бояр и стрельцов. Все осознавали грядущую войну с поляками и литовцами. Но ради «православные християнские веры и святых божиих церквей» всё же решили: «С литовским королем битися, не шадя голов своих, и ради помереть за их государскую честь. А торговые всяких чинов люди вспоможеньем и за их государскую честь головами ж своими ради помереть».
