Исходя из данных, полученных в ходе анализа русских летописных текстов и мусульманских надгробий, найденных от Булгара и до Средней Азии, Ю. Шамильоглу пришел к выводу, что эпидемия в Крыму вспыхнула через 7–8 лет после чумы, произошедшей в районе озера Иссык-Куль. Западноевропейцы впервые смогли познакомиться с этим заболеванием во время осады Каффы (генуэзской колонии в Крыму) войсками хана Джанибека. Впрочем, сам исследователь старается придерживаться традиционной для западной историографии точки зрения на крымскую вспышку. Согласно последней массовая смертность среди населения Каффы возникла не в результате активности близлежащих природных очагов чумы, а вследствие первого в истории применения бактериологического оружия. Впрочем, дальнейшее победное шествие «Черной смерти» на территории Золотой Орды и русских княжеств в 1364–1367, 1374–1377 и 1396 г. происходило, как правило, с территории татарского средневекового государства, что фактически привело к необратимым процессам на пространствах Великой Русской равнины. Среди наиболее заметных, можно выделить: масштабную смену этнического состава населения Улуса Джучи, его политическую децентрализацию, культурный и технологический регресс, а также полное исчезновение из обихода волжско-булгарского языка.
Наиболее значимые теоретические статьи Ю. Шамильоглу по теме «Черной смерти на территории Улуса Джучи» хоть и были написаны в 1990-е г., но их публикация произошла только в середине 2010-х гг. В них исследователь попытался подробно рассмотреть причины возникновения «Черной смерти». Одним из важных факторов, приведших к возникновению «Черной смерти», по мнению американского тюрколога, стало похолодание климата в 1280–1400 гг., проявившееся в форме изменения количества выпадения осадков и изменение уровня Каспийского моря, [Шамильоглу Ю., 2016а]. Первыми звонками грядущей эпидемической катастрофы в Золотой Орде явилось усиление голода в перенаселенных ордынских городах и последовавшая за этим масштабная депопуляции населения. Возникшая на фоне этого политическая анархия сказалась не только на деятельности политических институтов, но и на экономическом, культурном и социальном уровне средневекового татарского государства. Однако, главными последствиями для Улуса Джучи, по мнению исследователя, стали усиление миграции, углубление исламизации и кипчакизация татарского населения. В этом Ю. Шамильоглу в целом повторил выводы американского историка Д. Херлихе. Переосмыслив их и сопоставив с реалиями Улуса Джуса, американский исследователь указал на то, что к моменту возникновения в середине XV в. татарских государств-наследников Золотой Орды местное тюркское население серьезно претерпело изменение в этническом, культурном и политическом плане, что отразилось на всей структуре управления татарских ханств [Шамильоглу Ю., 2016b].
