В середине 1880-х гг. отечественные ученые продолжили свои изыскания в области клиники и истории чумных эпидемий. Определенный исследовательский тренд в изучении в России внесла публикация археолога Д.А. Хвольсонах. [Chwolson D., 1884]. Именно благодаря ей, в отечественной науке стала господствовать точка зрения о центральноазиатском происхождении «Черной смерти». Большую роль в закреплении этой теории сыграли полевые исследования нижневолжских степей. По их результатам в 1884 г. была опубликована крупная монография Н.К. Щепотьева [Щепотьев Н.К., 1884]. В ней автор обоснованно доказывал существование на территории тогдашней Астраханской губернии природного очага чумы. Наличие благоприятных природно-климатических условий, состав почвы и обширная дельта реки Волги были названы теми факторами, которые напрямую способствовали формированию на Нижней Волге различных эпидемических заболеваний (малярии, чумы и холеры). Главным недостатком данной работы, является то, что сам ученый относил чуму скорее к заболеваниям, передающимся посредством миазмов, что выглядело на тот момент времени уже явным признаком анахронизма. Однако, не смотря на это, все же главным достоинством этой работы следует признать первое подробное описание нижневолжского природного чумного очага. Сам исследователь был склонен считать, что основной причиной быстрого распространения чумы в Средние века и в Новое время являлась географическая близость Нижнего Поволжья к странами Востока. Поэтому крупнейшие вспышки 1346, 1364 и 1655/56 гг., скорее всего, имели как местное, так и принесенное восточное происхождение [Щепотьев Н.К., 1884: 18–19].
В продолжение своих изысканий в области средневековых эпидемий чумы на территории России Н.К. Щепотьев опубликовал в 1897 г. специальную брошюру [Щепотьев Н.К., 1897]. В ней он на основании анализа летописных сводов определил, что из 47 эпидемий на Руси менее 20 можно отнести к чумным или имеющим чумообразный характер. В основном вплоть до нашествия татар в XIII в. вспышки заболевания были зафиксированы в Пскове, Новгороде, Полоцке и Смоленске, имевших торговые отношения со странами Запада. Установление постоянных контактов между татарами и русскими открыло новый путь для проникновения эпидемий с Востока.
Исходя из взглядов А. Хирша, В. Рихтера и Ю.Ф.К. Геккера[13], и на основании трудов Н.М. Карамзина и С.М. Соловьева, а также из анализа опубликованных на тот момент времени летописных сводов, Н.К. Щепотьев попытался реконструировать протекание средневековых чумный эпидемий на территории России в XIV–XVII вв. В результате, он пришел к выводу, что «
