По-видимому, Аменхотеп III послал экспедицию также в Пунт. В одной из надписей его времени говорится, что «страны Пунта» посылают в Египет дерево лучших пород, тогда как вожди Куша приносят дань. Очень большое внимание Аменхотеп III уделял храмовому строительству в Нубии, в области между II и III порогами. Здесь были построены храмы в Седенге, Солебе и Гематоне, а крепость в Сесеби, основанная при Хатшепсут, начала при Аменхотепе III превращаться в город, который достиг расцвета в первые годы царствования Аменхотепа IV, когда в Сесеби были построены три храма. По-видимому, при Аменхотепе III начал развиваться храмовый город Гематон (Кава), будущий религиозный центр Куша.
Аменхотеп IV вынужден был, как и его отец, подавить восстания в Нубии и Сирии. Его наместник в Куше жестоко расправился с восставшими, перебив часть из них и угнав в плен другую. Сохранились изображения фараона и его жены, прекрасной Нефертити, принимающих дань из Нубии и Сирии и с царственным спокойствием взирающих на пленных мужчин и женщин из этих стран, приведенных на веревках, натянутых на шеи, и брошенных к ногам августейшей четы.
При Эхнатоне и Нефертити Нубия больше, чем какая-либо другая подвластная Египту страна, жила общей политической и культурной жизнью с метрополией. Религиозная реформа Эхнатона коснулась и Нубии. Разрушение храмов Амона и других богов атонистами (религиозными реформаторами, последователями монотеистического культа Атона — Солнца) происходило не только в крупнейших городах собственно Египта, но и в таких городах Нубии, как Сесеби и Гематон. В последнем Эхнатон приказал разрушить храм Амона и построить храм Атону в Сесеби и Гематоне.
Официально утвержденный фараоном и его богословами гимн Солнцу называет Куш наряду с Египтом и Сирией в числе стран, поклоняющихся единому богу. Хотя монотеизм не смог укорениться в этих странах и даже не произошло культурно-этнической интеграции Северного Судана с Египтом, Нубия вошла в число передовых стран тогдашнего мира.
Установившийся при Аменхотепе III и его преемниках (Эхнатоне, Сменхкаре, Тутанхамоне и Эйэ) мирный курс египетской внешней политики был круто изменен фараонами XIX династии, которые попытались возродить военную мощь Нового царства Египта и вернуть ему доминирующее положение в тогдашнем мире. Первый фараон XIX династии Хоремхеб (1327–1314) совершил походы в Палестину и Нубию и послал экспедицию в Пунт. Великолепные барельефы храма в Сильсиле (Нижняя Нубия) прославляют победу Хоремхеба над восставшими племенами Судана, а один из барельефов Карнака изображает принесение фараону дани (в том числе мешков с золотом и благовониями) вождями Пунта.
