Лингвисты пытались проследить родственные связи отдельных языковых семей, группы которых образуют более или менее обширные «сверхсемьи». К «ностратической» сверхсемье в Африке относятся лишь афразийские (семито-хамитские) языки. Их выделение из общей группы с древнейшими индоевропейскими, кавказскими, финно-угорскими, хуррито-урартскими, дравидийскими и другими «ностратическими» языками датируется верхним палеолитом. Таким образом, историческое языкознание наряду с антропологией и археологией предлагает нам данные, объединяющие древнейшую Северную Африку с Евразией и отделяющие ее от Тропической и Южной Африки.
Древнейший афразийский язык, от которого происходят семитские, кушитские, берберские, чадские и египетские, существовал, возможно, в 9-м — середине 8-го тысячелетия. Уже около середины 8-го тысячелетия из него выделился древнейший кушитский язык, от которого вскоре отпочковалась юго-западная ветвь. В первой половине 4-го тысячелетия древнейшие семиты, возможно пришедшие в Азию из Нижнего Египта, начали широко расселяться в Сирии и Аравии, дробиться на племена и «языци», в результате чего прасемитский язык распался на отдельные ветви (аккадскую, древнеарабскую и др.). Судя по данным лингвистики, уже в середине 4-го тысячелетия семиты занимались земледелием и скотоводством. Вероятно, к этому времени древнейший чадский язык уже отделился от праберберского. Это произошло еще до распространения скотоводства в степях, саваннах и горных лесах древней Сахары.
В Тропической Африке взаимное родство обнаруживают языковые семьи нигер-конго и кордофанская (последняя сохранилась между афразийскими и нило-сахарскими языками в суданской провинции Кордофан). Паранилотские языки, входящие в нило-сахарскую семью, немало заимствовали у соседних с ними кушитских; антропологический тип и культура паранилотских народов также в общем напоминают кушитов. Другие нило-сахарские языки имеют связи с языками группы нигер-конго.
Наиболее изолированной выглядит койсанская языковая семья, последние реликты которой сохранились в Южной Африке, Намибии, Анголе и Центральной Танзании. Возможно, в древности койсанские языки встречались на территориях, где сейчас не осталось и таких реликтов койсанского этноса, как бушмены Анголы и Родезии или хадза, вахи и сандаве Танзании. Для койсанских языков характерны щелкающие и цокающие звуки, образуемые при вдохе, что не встречается ни в каких других языках, за исключением южнобантуских, где они объясняются заимствованием из койсанских. Поэтому трудно отделаться от впечатления, что речь идет о койсанском языке, когда мы читаем у Геродота следующую характеристику языка «эфиопов-троглодитов», живших где-то южнее гара-мантов и занимавшихся охотой на мелкую дичь: «Их язык не похож ни на какой другой: они щелкают (или свистят), как птицы, и шипят, как летучие мыши». Эти сведения были почерпнуты «отцом истории» из книги Гекатея Милетского, а последним получены через гарамантов и киренских греков, но не исключено, что сам Гекатей встречал в Кирене рабов из «троглодитов», проданных сюда гарамантами, и слышал их речь. Информацию Гекатея — Геродота трудно отнести к какому-либо из нило-сахарских языков, распространенных в этой части Африки, тем более к берберскому языку древних ливийцев. С некоторой натяжкой это сообщение можно сопоставить с очень своеобразным «языком свистов», распространенным на Канарских островах. Известно, что он существовал еще у гуанчей, древних и средневековых обитателей Канарских островов, родственных по языку и культуре берберам Атласа и Сахары. Но разумеется, беглого и малонадежного замечания Геродота недостаточно для того, чтобы судить о связях языка «эфиопов-троглодитов» с одной из современных языковых групп.
