Пожалуй, наибольший интерес представляет экспедиция 1939 г. За год до этого Гиммлер лично пригласил Шеффера заняться работой в Аненербе, пообещав огромные финансовые возможности. Обрадованный Шеффер начал подготовку к очередной экспедиции в Тибет, в Лхасу. 10 сентября 1938 г. участники собрались у шефа СС на тайное совещание. Подробности разговора неизвестны.
Весной 1939 г. путешественники отправились в Калькутту в сопровождении радиста и двух профессиональных разведчиков. Экспедиция должна была не только оценить возможность организации тибетского сопротивления нацистам, но и установить радиомост с Лхасой, чтобы фюрер мог общаться с духовным центром мира напрямую.
Шефферу и его команде не повезло, поскольку в Европе разразилась война. Английские газеты тут же назвали их немецкими шпионами со всеми вытекающими последствиями. Если бы не высокопоставленный чиновник британской администрации М. Голд, относившийся к нацистам с симпатией, то судьба экспедиции была бы плачевна.
Экспедиция достигла Лхасы, где ее радушно встретили тибетские власти. Шеффер при этом организовал встречу «западной и восточной свастик».
Регента Тибета Квотухту это умилило настолько, что он написал Гитлеру следующее письмо: «Глубокоуважаемый господин Гитлер, правитель Германии, господствующий над обширными странами. Да пребудет с вами радость, здоровье, покой и добродетель!
Сейчас вы трудитесь над созданием обширного государства на расовой основе. Поэтому прибывший ныне руководитель немецкой тибетской экспедиции сахиб Шеффер не имел ни малейших трудностей ни в его пути к Тибету, ни в осуществлении своей цели установления дружественных отношений; более того, мы надеемся на дальнейшее расширение дружественных отношений между нашими правительствами.
Примите ваша светлость, господин Гитлер, наши заверения в дружбе. Это я подтверждаю Вам! Написано 18 числа первого тибетского года Земляного Зайца (1939 г.)».
Путешественники за это время провели большую работу, побывали во многих священных местах горной страны, в том числе в местах, указанных в рукописи «Дорога Шамбалы», сняли киноленты о тайных буддийских ритуалах, установили радиосвязь. Через два месяца пребывания в Тибете Шеффер со спутниками вернулся в Германию, где их торжественно встретили Гиммлер и пресса. Экспедиция прошла успешно, хотя загадка Шамбалы, страны сверхлюдей, так и осталась нераскрытой.
Гиммлер сразу же поручил Шефферу подготовиться к выполнению следующего задания: переправки через территорию СССР в Тибет нескольких десятков эсэсовцев, которые должны были доставить оружие для тибетцев, чтобы те начали более активно воевать с англичанами на границе с Непалом.
