В ходе переговоров, связанных с формированием этого правительства, обнаружилось очень серьезное препятствие, одно время грозившее катастрофой всему проекту. Генерал Болдырев был известен в политике как социалист-революционер. Через него партия социалистов-революционеров получила практически полный контроль над новой армией. Авксентьев и Кº, ставившие своей целью контроль социалистов-революционеров над всеми силами нового правительства, заявили, что социалисты-революционеры должны контролировать и вновь созданную милицию, которая при новом режиме должна играть роль своего рода военной полиции. Это возмутило более умеренных членов обеих группировок, поскольку означало передачу всей полноты власти в руки одной группы и не способствовало укреплению гражданских институтов. Кроме того, само требование вызвало у умеренных сомнения в целях получения такой власти. Однако присутствие союзников и решимость сформировать хоть какую-то власть перевесило эти сомнения, и умеренные согласились удовлетворить требование социалистов-революционеров.
Союзники осуществляли поставки, предназначенные для новой армии, противостоявшей террористам на Урале, но вскоре обнаружилось, что оружие прибывало не по назначению. Фронт по-прежнему страдал от нехватки самого необходимого оружия и обмундирования, в то время как милиция, сформированная социалистами-революционерами в тылу, была укомплектована всем необходимым. Призывы фронтовых генералов к главнокомандующему Болдыреву не были услышаны, и дело принимало серьезный оборот. Адмирал Колчак как военный министр передал генералу Болдыреву их обращения, подкрепив их в самой решительной манере. Болдырев с такой же прямотой заявил, что обращения с фронта вымышлены, и закончил пререкания, сказав адмиралу, что это не его дело. Что под давлением одного из союзников фракции социалистов-революционеров пришлось согласиться на его присутствие в правительстве, но что они сделали это только ради того, чтобы заручиться поддержкой и признанием со стороны союзников, и он останется в правительстве только до тех пор, пока не вмешивается в дела, из участия в которых он категорически исключен решением Директории. После этого адмирал Колчак подал прошение об отставке, но позже забрал его для поддержания видимости гармонии в глазах союзников. Однако он настоял на том, что лично проведет инспекцию фронта, что было ему разрешено больше для того, чтобы отослать его подальше от Омска, чем для выполнения его министерских обязанностей.
