Эта версия достаточно популярна среди новейших исследователей. Немецкий историк Герман Бенгтсон писал: «Благодаря рождению Цезариона, которого мы уверенно можем считать сыном Цезаря, положение Клеопатры заметно упрочилось. Да и всемогущий римский диктатор наконец получил сына, в котором ему было отказано в браке с Кальпурнией. Этот сын стал теперь законным наследником трона фараонов; тем самым Клеопатра теснейшим образом связала своего любовника с судьбой птолемеевской династии. Хотя царица не была формально законной супругой Цезаря, она все же была царицей Египта и в качестве протеже Цезаря, по римским понятиям — его клиентки, пользовалась его личной защитой. В Египте отцовство Цезаря также было воспринято безоговорочно. Жрецы Гермонфиды (крупный религиозный центр в эпоху Птолемеев) утверждали, что сына Клеопатры зачал бог Ра, приняв образ Цезаря. На стене храма в Гермонфиде они реалистически изобразили рождение царевича. Таким образом, союз Цезаря и Клеопатры был узаконен перед всем миром. Иначе, разумеется, думали об этом римляне» («Правители эпохи эллинизма», М, 1982). Аналогично мнение Ю.Б. Циркина: «Клеопатра надеялась, что связь с Цезарем не только утвердит ее на александрийском троне, но и сделает соправительницей всего римского мира. Особые надежды она возлагала на Цезариона, рассчитывая, что уж своего сына Цезарь не забудет, а за его спиной (она ведь была много моложе Цезаря) властвовать будет именно она».
Однако убийство Цезаря заговорщиками (15 марта 44 г.) разрушило эти великие и дерзкие планы. В Риме начался острый политический кризис. Поход против Парфии, в который Цезарь, по словам Аппиана, должен был выступить уже 18 марта, провалился. В тех условиях оставаться в Риме было небезопасно, и Клеопатра бежала в Египет. Если верить письмам Цицерона («К Аттику», XIV, 20,2), в это время царица была беременна, и по пути у нее случился выкидыш. Судя по радости Цицерона по поводу того, что сын Цезаря так и не родился, республиканцев беспокоила возможность появления на свет еще одного наследника. Может быть, именно опасения потерять трон заставили Клеопатру отравить своего брата Птолемея XIV, уже близкого к совершеннолетию (по другой версии, он был убит еще в 46 г.). Избавившись от династического соперника, Клеопатра могла более уверенно себя чувствовать, тем более что в Египте продолжали стоять четыре легиона, оставленные там Цезарем.
Однако в жизни царицы наступил новый этап, впереди была неизвестность. Со смертью Цезаря Клеопатра потеряла не только великого друга и покровителя, была разбита мечта, которую она вынашивала уже несколько лет — мечта о великой восточной империи. В Риме начинался очередной этап гражданских войн, царице снова предстояло выбирать, к кому из римлян примкнуть, кто лучше гарантирует сохранение ее власти. Последующие события показали, что Клеопатра не отказалась от своих грандиозных планов и все равно искала союзников для их выполнения. После убийства Цезаря таким союзником стал его ближайший друг и соратник Антоний.
