Такой неслыханный отказ вызвал враждебность властей к семье. Их уже не без оснований подозревали в том, что в глубине души они сохранили верность иудаизму; и Диего Мендеса, зятя Грасии, некоторое время назад судили за ересь. Предчувствуя новые преследования, вся семья бежала сначала в Лион, а затем в Венецию.
Прибытие такой многочисленной и известной семьи не могло пройти незамеченным. В предшествовавшие годы марраны уже мигрировали в Венецию в большом количестве, и правительство в их лице столкнулось с серьезной проблемой. Проблема обострилась после нового притока иммигрантов. В следующем году издали указ, по которому все марраны изгонялись из Венеции. Тогда семья Мендес еще не совершила решительного шага и не вернулась к иудаизму. Однако племянница и воспитанница доньи Грасии, которым надоела ее опека, выдали ее властям. Грасию обвинили в склонности к иудаизму, все ее имущество подлежало конфискации. Родственникам пришлось искать убежища в Ферраре. Этот пример развязал руки королю Франции Генриху III, который наложил руки на огромное имущество банкирского дома, находящееся в его владениях, особенно в Лионе.
Людям, которые были на дружеской ноге с гордыми идальго Пиренейского полуострова, нелегко оказалось мириться с подобным отношением. Молодой Жуан Мигес (который, если верить свидетельствам очевидцев, запросил, пусть и тщетно, у венецианского правительства выделить какой-нибудь остров, куда без помех могли бы мигрировать беженцы из Португалии) прибег к решительному шагу. В то время дом Мендесов обладал влиянием во всей Европе, и к его голосу почтительно прислушивались даже в столице Турции. Более того, там Мигес мог рассчитывать на содействие Мозеса Хамона (который, как и его родня, был уроженцем Испании), лейб-медика Сулеймана Великолепного. Благодаря тактичным намекам султан решил оказать содействие этой важной семье богатых купцов; ему рассказали и о возможных преимуществах в том случае, если семью уговорят переселиться в Турцию. Результаты оказались ошеломляющими. Блистательная Порта направила в Венецию посланника, который безапелляционно потребовал освободить донью Грасию и вернуть ей имущество. Венеция настолько дорожила отношениями с Ближним Востоком, что ее власти не посмели ответить отказом и кротко согласились исполнить все требования. Грасии Мендес позволили присоединиться к родственникам в Ферраре. Однако семье надоело вести двойную жизнь, тем более что все равно не удавалось избежать проявлений христианской нетерпимости. Переехав в Константинополь, где их приняли с распростертыми объятиями, они отказались от напускного католицизма и открыто вернулись к вере своих отцов. Жуан Мигес также взял родовое еврейское имя — Иосиф Наси. Он женился на своей кузине, красавице Рейне.
