Еврейское население, проживавшее во всех указанных местах, искало убежища в Венеции. Такое право было гарантировано им в экстренных случаях договором, подтвержденным всего за несколько месяцев до войны. Именно сюда Илия Капсали, критский историк, который тогда учился в Падуе, сопроводил своих родственников и уважаемого учителя, Иссерлейна, невзирая на то, что стоимость найма лодки за несколько дней выросла с 10 пикколи до 20 дукатов. Непомерно богатый Хайим Мешуллам, он же Вита дель Банко, процветающий падуанский банкир-филантроп, с неуместной пышностью поселился во дворце Каса Бернардо, который прежде долго пустовал из-за огромной арендной платы. Впоследствии ему пришлось пожалеть о своем поступке. В трех приходах, Святого Канчиано, Святого Агостино и Святого Иеремии, за короткий период нашли приют пять с лишним тысяч беженцев. Туда же они переводили с материка свои лицензированные банки, деятельность которых, в силу всеобщих стесненных обстоятельств, становилась все более востребованной. Количество беженцев росло с каждым днем. Однажды им удалось выкупить в самом центре города, в квартале Мерсерия, еврейского военнопленного из Кастельфранко, которого тюремщики волокли по улице. Когда наступил еврейский Новый год, евреям официально разрешили провести богослужение и сопровождающие праздник церемонии, в чем им в Венеции отказывали все предшествующее столетие. Поэтому возникли несколько импровизированных молельных домов.
Некоторое время правительство было поглощено войной. 3 июня 1509 года Падуя без единого выстрела открыла ворота для имперских сил. Через десять дней туда прибыл представитель императора Священной Римской империи, чтобы принять бразды правления захваченным городом. Оставшиеся в городе евреи решили, по примеру остальных обитателей, приветствовать его подарком, чтобы завоевать расположение. Ученый раввин Авраам Минц (который всего за месяц или два до того сменил своего отца на посту главы знаменитой талмудической академии) поднес ему громадную серебряную чашу великолепной работы. «Что толку от чаши без кувшина?» — буркнул грубый солдафон, демонстрируя таким образом свою благодарность. Раввин, не теряя присутствия духа, объяснил, что кувшин еще находится у ювелира, но будет готов через несколько дней. В конечном счете подарок повлек за собой суровые последствия для евреев. Когда венецианские власти об этом узнали, Вита Мешуллам и Нафтали (Герц) Вертхайм, самые видные среди беженцев, были арестованы по обвинению в пособничестве врагу. Их освободили после длительного тюремного заточения; но последний из-за перенесенных страданий вскоре умер. Самому Аврааму Минцу за соучастие в преступлении навсегда запретили въезд на территорию Венеции. Тем не менее в первое время подарок достиг цели.
