Шииты считали Омейядов и Аббасидов захватившими власть узурпаторами, а своими повелителями признавали Али и его потомков. Их учение быстро распространилось по иранским землям. Род Али образовал династию двенадцати шиитских имамов, которые не обладали политической властью, но считались духовными руководителями шиитской общины. Первым имамом стал Али, вторым его сын Хасан, третьим сын Али Хусейн, от которого пошли еще девять имамов. Двенадцатый имам Мухаммед последний раз в летописях упоминается в 873 году. Шииты верят, что имам Мухаммед исчез в таинственном ущелье и был скрыт Аллахом в недосягаемом месте. Там он будет находиться до тех пор, пока Аллах не пошлет его к шиитам. «Скрытый имам» вернется, чтобы установить совершенный строй равенства и справедливости.
Учение о скрытом имаме стало одним из основных догматов шиизма. Все их правители и наставники считались представителями «скрытого имама», непогрешимыми в делах веры. Шииты признавали не Сунну, а свое священное предание Ахбар. Преследуемое религиозное меньшинство, они разработали особую тактику, спасавшую их от преследования турок-сельджуков, принявших суннизм. У суннитов существовало свое учение о мессии, — «Махди, тот кого Аллах ведет по истинному пути», — который явится, когда это будет угодно Богу и установит справедливый строй.
В середине IX века при халифе Муттевакиле по всему Халифату началась борьба за установление единоверия. Могила Хусейна в Кербеле была уничтожена, многие шииты казнены. Последователи Али стали создавать тайные организации.
В конце IX века в шиитском учении возник исмаилизм, возможно названный так по имени Исмаила, потомка Али в седьмом колене. «Сокровенное учение» говорило, что скрытый имам имел ключ к божественному откровению. Пока имам скрыт, вместо него действуют его миссионер-даи.
Учение исмаилистов называло число «семь» мистическим. Бог создал семь небес, земель, морей, цветов, металлов, звуков, назначил имамами семь лучших своих созданий, первый из которых Али, последний и седьмой — Исмаил. Семь божественных законодателей имели по семь помощников, которых называли немыми, потому что они никогда не выступали публично. Каждый из семи немых рассылал по двенадцать апостолов, распространявших учение. При сыне седьмого имама Исмаила была создана миссионерская школа, воспитавшая множество последователей «сокровенного учения». Вскоре миссионеры исмаилитов карматы восстали против Аббасидов и несколько раз разбили их войска. Сто лет карматы дрались с Халифатом в Северной Африке, Сирии, Иране, Средней Азии. Их деятельность в созданных в труднодоступных местах убежищах, куда активно стекались недовольные, имела закрытый и тайный характер.
