Омейяды боролись с оппозицией, опиравшейся на Мекку и Медину и выдвигавшей на главенство семью зятя пророка Али. Претензии Алидов на верховную власть были обоснованы и они пользовались большим влиянием в персидских землях. В 680 году сын Али и внук пророка Хусейн с группой родственников и сторонников двинулся из Мекки в Ирак, чтобы восстать против Омейядов. У небольшого города Кербела его отряд был окружен войсками местного наместника халифа и в яростной рубке погиб Хусейн и все его приверженцы. В Мекке и Медине началось восстание, в 682 году подавленное Омейядами. Алидская оппозиция укрепилась в южнокаспийских районах Ирана и в малодоступных горных лесах. Восстали Ирак и Средняя Азия, берберы в Северной Африке, Алиды восстали на северо-востоке Ирана. В начале 750 года Омейядов пербили во всех наместничествах, всех мужчин, женщин и детей династии. Спасся только один из Омейядов Абд-ар-Рахман, который через Северную Африку прорвался в Испанию, где в Кордове создал испанский эмират-халифат. Новым арабским халифом стал Абу-Муслим из рода дяди пророка Аббаса. Халифат Аббасидов просуществовал половину тысячелетия, с 750 по 1258 год. В новой столице Багдаде успешно правили халифы аль-Мансур, Харун-ар-Рашид (786–809) и аль-Мамун. Багдад при них стали называть «Мадинат ас-Салям» — «Город мира и спокойствия».
Учение суннитов, или правоверных, было наиболее распространено среди мусульман. Его идеологи право наследования избираемого халифа основывали на иджма — согласии общины, уммы. Происхождение будущего халифа от пророка не было обязательным. Этот принцип идеологи основывали на сунне — воззрении, возникшем при появлении ислама. Сторонников этого учения стали называть суннитами. Против них с оружием в руках выступили шиниты и хариджиты.
«Повстанцы»-хариджиты выдвинули формулу «Нет халифа кроме, как по воле Бога и по воле народа». Они не признавали наследственных халифов и объявили безусловный приоритет мусульманской общины верующих. Когда в 658 году войско четвертого халифа Али разгромили хариджитов в сражении при иранском Нахраване, через три года один из уцелевших «повстанцев» убил Али у мечети.
Харижиты боролись и против Алидов и против Омейядов. Не поддерживавшее их население не имело право на спасение и вырезалось и вырезалось. Хариджиты распались на десять группировок и при Аббаситах полностью лишились народной поддержки.
Шииты составляли особую группу, по-арабски «шиа», состоявшую из приверженцев Али. Они заявляли, что Али, родственник и зять посланца Аллаха пророка Мухаммеда имеет преимущественное право на верховную власть среди мусульман. После его смерти это право распространилось на его потомков. Шииты верили в то, что «божественная душа» в определенный период может воплощаться только в одном человеке, потомке пророка Мухаммеда, происходившем от Али и Фатимы. Шииты называли этого избранного «имамом» и понимали это слово, как «мессия». Шииты основывали наследование халифата на божественном праве, принадлежавшем «святой семье Али». Священными городами шиитов стали Кербела, место гибели великомученника Хусейна, сына Али, и Неджеф, в котором находилась могила Али.
