Паттерсон в своем воображении сильно преувеличил силы Джонстона и опасался идти в наступление; в испуге он двинулся на север – прочь от конфедератов, вместо того чтобы преследовать их. Не подозревая о его реальных намерениях, генералы конфедератов решили, что он спешит соединиться с Макдауэллом. Тем времени Борегар счел разумным атаковать силы северян своим правым флангом и по центру, не дожидаясь, пока к ним придет подкрепление. Джонстон, старший по званию, одобрил его план. Однако перепутанные приказы помешали наступлению; между тем атака Макдауэлла оказалась неожиданной. Звуки первых пушечных выстрелов подсказали, что тот пытается атаковать их на левом фланге. До места событий было четыре мили, но Джонстон с Борегаром оседлали коней и с максимальной скоростью помчались туда. «Мы прибыли в нужный момент», – говорил Джонстон. Войска конфедератов были деморализованы; началось беспорядочное отступление. Потребовались вся твердость и мужество генералов, чтобы остановить поток. Борегар остался под огнем, командуя своими войсками, а Джонстон с сожалением направился в тыл, чтобы ускорить прибытие подкрепления.
Два генерала конфедератов появились на поле боя в полдень. Сражение длилось до трех часов дня. Самые ожесточенные бои развернулись за холм Генри, который удалось захватить северянам. В два часа дня Борегар отдал приказ перейти в наступление и отбить холм. Атака была проведена лихо. Бригада Джексона пронзила центр северян штыковой атакой; другие части ринулись вперед не менее решительно, нажали на северян и выдавили их с открытого пространства холма. Но северяне собрались, восстановили ряды и согнали конфедератов с холма в лес. Макдауэлл, который видел эту стадию сражения своими глазами, посчитал последнюю атаку финальной и решил, что победа – за ним.
Джефферсон Дэвис, слишком взволнованный, чтобы оставаться в Ричмонде, отправился поездом к месту сражения. Приближаясь к железнодорожной станции Манассас, он увидел клубы пыли, которые поднимали повозки, отправляемые в тыл, и отчетливо различил звуки стрельбы. На станции собралось множество людей, которые в панике покинули поле боя. Они живо описывали Дэвису поражение своей армии. Он спросил седобородого мужчину, чье спокойное лицо и собранное поведение внушали уверенность, как прошла битва. «Наши порядки расстроены, – последовал ответ. – Все в смятении, армия отступает, сражение проиграно». Машинист поезда отказался ехать дальше, но, уступая настойчивым требованиям Дэвиса, отцепил локомотив и подвез его к штабу, где Дэвис нашел коней для себя и своего помощника. Двое офицеров вызвались проводить их к полю битвы. По дороге им попадалось множество бредущих солдат; их часто предупреждали об опасности, которая ждет впереди. Но звуки стрельбы стали стихать, что могло означать как наступление конфедератов, так и затухание сражения. Встретив Джонстона на холме, господствующем над полем, он мог бы спросить его, как король Генрих V при Азенкуре: «Не пойму, мы победили или нет?» Но Джонстон опередил его, сказав: «Мы выиграли сражение».
