В органах безопасности были созданы специальные внештатные группы из опытных сотрудников органов безопасности — в том числе оперработников и следователей. Им поручалась не только работа с заявлениями и запросами, отбор и предварительная оценка архивных уголовных дел, но также подготовка проектов заключений и справок о реабилитации. Были отработаны схемы взаимодействия с органами прокуратуры, активизирована работа экспертных комиссий, налажено информационное обеспечение органов государственной власти и управления, предоставление материалов средствам массовой информации, повсеместно оборудованы помещения для приема граждан, организована работа открытого читального зала Центрального архива ФСБ России.
В Центральный архив ФСБ России и территориальные органы безопасности поступают обращения детей, внуков и правнуков репрессированных, граждан Российской Федерации и иностранных государств, а также различных организаций с просьбой установить судьбы безвинно пострадавших, места захоронений, найти без вести пропавших родственников, ознакомиться с материалами архивных дел и все реже поднимаются вопросы о реабилитации.
Для осуществления полномасштабной проверки по поиску архивных материалов необходимы следующие сведения в отношении репрессированного лица: фамилия, имя, отчество, год и место рождения, место проживания на момент ареста и, по возможности, место отбывания наказания.
При рассмотрении обращений организаций и частных лиц проверочная работа сотрудников архивов органов безопасности направлена прежде всего на поиск следственного дела на лицо, подвергшееся уголовному преследованию. Именно архивное уголовное дело является основным источником информации для потомков репрессированных. Помимо процессуальных документов дела содержат ценнейшую для заявителей информацию биографического характера, сведения о родственниках, письма, рукописи, фотографии и пр. Как правило, такие дела хранятся в архивах территориальных органов безопасности или в государственных архивах по месту рождения, проживания, осуждения лица, а также могут находиться в соответствующих информационных центрах органов внутренних дел.
Архивные уголовные дела на военнослужащих, арестованных особыми отделами воинских частей и осужденных военными трибуналами и судами за воинские и уголовные преступления до 1940 г. включительно, хранятся в Российском государственном военном архиве, а после 1941 г. — в Центральном архиве Министерства обороны.
