.
В октябре 1920 г. Букейханов принял участие в I Учредительном съезде Советов Киргизской (Казахской) АССР. В 1920 -1930-е годы активно занимался научной, просветительской, литературной деятельностью.
Попытки А. Букейханова получения автономии для казахского населения в глазах партии большевиков и его вооруженного отряда — ОГПУ-НКВД СССР выглядели как «контрреволюционная и националистическая деятельность». В Москве полагали, что национально-освободительные убеждения Букейханова исключали признание им советской власти. Органы политического надзора утверждали, что Букейханов и его единомышленники продолжали «контрреволюционную работу», они лишь изменили формы борьбы против нового режима: отказались от вооруженных выступлений, стали легализовываться, устраиваться на работу, «внедряться в государственный аппарат и коммунистическую партию», для того чтобы с новых позиций вести скрытую борьбу с советской властью. Программа и деятельность партии «Алаш» в советский период считались «буржуазными и националистическими»[188].
На самом деле, объективный анализ архивных документов показывает, что в пунктах программы партии «Алаш» декларировались принципы, характерные для стран с демократическим устройством. В частности, в первой части программы провозглашается, что Россия будет демократической, федеративной республикой, в которой каждое государство будет самостоятельным, но все они будут сотрудничать. Во главе правительства будет президент, избираемый Учредительным собранием и Государственной думой на определенный срок. Утверждение сотрудников ОГПУ о «внедрении в государственный аппарат» бывших членов Алаш-Орды тоже не соответствовало действительности, так как в соответствии с амнистией 1919 и 1920 гг. государственные органы были обязаны принимать их на работу, более того, они не подлежали преследованию за свою прошлую деятельность в составе правительства Алаш-Орды.
Выдвигались абсурдные обвинения в том, что с первых дней установления советской власти в Казахстане члены первого национального казахского правительства находились во всех наиболее важных казахских государственных органах. Представители советских репрессивных органов без всяких оснований утверждали, что бывшие члены Алаш-Орды проводили «националистическую политику, оказывали националистическое влияние на казахское население». При этом в документах ОГПУ в качестве «подтверждения обоснованности таких выводов» указывалось, что представители Алаш-Орды занимали руководящие посты: Букейханов был членом коллегии Наркомзема. Байтурсунов — Наркомпроса. Габбасов — заведующий Семипалатинским губернским земельным управлением
