Еще не совсем осознавая всей серьезности обстановки, Шуйский посылает отряд под командованием князей Воротынского и Трубецкого под Елец и Кромы. Воротынскому на первых порах удалось рассеять неорганизованные силы мятежников Ельца, о чем он поспешил доложить царю. Но не успели еще прибыть награды победителям, как Болотников обрушился на 5-тысячный отряд конницы Трубецкого, разметал его, тем самым вызвав панику и в отряде Воротынского, и оба воеводы, даже не решаясь возвратиться в Москву, уехали в свои вотчины.
Шуйский, видя, что сторонников становится все меньше и меньше, предпринимает еще один шаг, который, по его мнению, должен был примирить его с группировкой Годуновых, весьма сильных врагов. Василий снимает опалу с памяти Бориса и организует торжественное перенесение праха Годунова, его жены Марии и сына Федора из обители св. Варсонофия, где их похоронили без всяких почестей, в Троице-Сергиеву Лавру. Перенесение совершалось с большими почестями, пышностью и великолепием.
Одновременно Шуйский собирает новую армию. Несмотря на то, что отряд под командованием М. В. Скопина-Шуйского разбил отряд противника на берегах реки Пахры, основные силы царя под командованием князей Мстиславского, Дмитрия Шуйского, Воротынского, Голицыных потерпели сокрушительное поражение в селе Троицком, в 50 верстах от Москвы, и в панике бежали, оставив в руках противника множество пленных. Однако вскоре обстановка в лагере противника изменилась в пользу Шуйского.
«Прелестные письма» Болотникова в адрес крестьян и холопов носили настолько ярко выраженный антикрепостнический характер, что присоединившиеся к Болотникову дворяне стали сомневаться в правильности принятого ими решения. А Шуйский, в свою очередь, усердно распространял среди дворян воззвания, в которых склонял их к уходу из лагеря восставших, обещал полное прощение и царские милости. Но пока все оставалось по-прежнему: Болотников готовился к штурму Москвы, а Москва предпринимала последние усилия к организации обороны.
Оборона города должна была носить активный характер. Эта идея принадлежала, по всей видимости, все тому же юному полководцу М. В. Скопину-Шуйскому. Московское войско делилось на две части: первая группа, меньшая по численности, под начальством осадного воеводы, защищала городские укрепления изнутри. Во главе этой группы стояли окольничий князь Д. В. Туренин и думный дьяк И. М. Пушкин, а надзирал за их деятельностью боярин князь И. И. Одоевский-Большой; вторая значительно большая по численности, являясь подвижной и находясь под командованием «вылазного воеводы», имела задачей организацию систематических вылазок против осаждающих город войск Болотникова. Эта часть войска, игравшая наиболее ответственную роль в обороне столицы, возглавлялась князем М. В. Скопиным-Шуйским. Насколько велико было значение этой группы, видно из состава помощников девятнадцатилетнего командующего, в подчинении которого находились князья А. В. Голицын и Б. И. Татев, а также дворцовые чины, стольники, стряпчие, московские дворяне, жильцы и т. д.
