Месяц спустя Ефремов все же был арестован драгунским отрядом и увезен в крепость Святого Дмитрия Ростовского. Узнав об этом, казаки ринулись к ней и угрожали коменданту штурмом. Успокоить донцов смог только сам Степан Ефремов, который с крепостного вала просил казаков ничего не предпринимать и вернуться к семьям. Атаман уверял, что скоро и сам получит свободу. Но этого не случилось: Ефремова в кандалах отправили в Петербург, где он предстал перед военным судом. Суд приговорил Степана Ефремова «за все те преступления, оказавшиеся по делу по застарелой в нем гордости, упрямству, противности и ослушанию, сентенциею приговорил его, бывшего атамана Ефремова, к лишению живота, и именно повесить правильно». Императрица Екатерина II помиловала бывшего атамана и назначила ему ссылку в город Пернов (ныне эстонский портовый город Пярну). После нескольких лет ссылки Ефремова вернули в Санкт-Петербург и, возможно, разрешили бы доживать дни на Дону, но, согласно донской песне-сказке о жизни атамана, при снятии кандалов сын Данилы Ефремова произнес такую речь:
Расковал его капитанушка,
И берет он себе цепь железную,
И возговорил ему Степан Данилович:
«Ты не тронь, не бери кандалы-цепи тяжелые,
Я их сам возьму, покажу деткам-сиротинушкам,
И скажу я им, добрым слугам государыни,
Что за верную службу нашу, за подвиги,
Нам награда — цепь тяжелая,
Кандалы-то нам, кандалы железные…»
Степан Ефремов умер в столице Российской империи 15 марта 1784 года. На Дону его так и не дождалась жена Меланья Карповна. Ее, простую черкасскую торговку, Ефремов полюбил с первого взгляда, и для нее атаману было ничего не жаль. Дон не видел более роскошной свадьбы, сложилась даже поговорка — «наварили, как на Меланьину свадьбу». Но сохранилась и другая, печальная для этой истории любви поговорка: «Вот тебе и тюк на крюк, Меланья Карповна!» Как писал Алексей Карасев, эта фраза была впервые произнесена, когда Степана Ефремова взяли под арест и навсегда увезли из атаманского дома.
Со временем гражданское положение крестьян ухудшалось, появлялись незримые, но тяжелые законодательные оковы. Так, Войсковой грамотой 1776 года был введен запрет на выдачу замуж за крестьян казачьих вдов и дочерей. Появились и новые формы зависимости крестьян от донских землевладельцев. Если поначалу все ограничивалось работой крестьянина на владельческой земле, то во второй половине XVIII столетия донские помещики обложили работяг оброком — денежной рентой за пользование барской землей. По мнению историка Ивана Ревина, это привело к стремительному развитию отходничества донских крестьян, которые в поисках дополнительного заработка вынуждены были наниматься на рыбные промыслы или идти чернорабочими в города.
