С указом о помиловании из столицы был привезен и утвержденный высшей властью приговор Евграфу Грузинову — «наказать нещадно кнутом». Это означало смерть. Атаман Орлов поспешил исполнить царскую конфирмацию, и утром 5 сентября 1800 года Грузинова повели на эшафот. Место казни было оцеплено многочисленным вооруженным караулом, который держал на расстоянии толпу зевак. После прочтения повеления о признании Грузинова виновным в «недоброжелательном отношении к государству» над головой отставного гвардейского полковника в знак лишения всех чинов и прав была сломлена его шпага. Площадь огласил свист кнута. Если верить дневниковой записи очевидца — священника Василия Рубашкина, Евграфу Грузинову было нанесено более 400 ударов кнутом. Один из вожаков Есауловского бунта (1792–1794) Иван Рубцов умер после 251 удара. Грузинова истязали наверняка, не оставляя надежды выжить. Спустя час после завершения казни он скончался. Любопытны заключительные слова записи Рубашкина, следующие непосредственно за описанием экзекуции Грузинова: «Да будет сие виновнику в наказание, а нам в памятование, да будем верны, почтительны и нелицемерны к Богу, закону, государю и отечеству».
На этом казни в 1800 году на Дону не закончились. Своей участи ожидали четыре казака, которые, приезжая к старшему Грузинову за долгами, слышали его «мерзкие речи». Их обвиняли в недоносительстве на государственного преступника и посчитали за сообщников Евграфа Осиповича. Под арестом находился и Петр Грузинов. Его следственное дело было признано общим с делом старшего брата и его «сообщников».
Казаков, обвиненных в недоносительстве, могло быть и пятеро, но отставной майор Катламин на допросе настойчиво отрицал произнесение Грузиновым «дерзостных и бранных слов» на особу императора. Старый казак (Катламину было 63 года), вероятно, понял, чем могут обернуться его правдивые показания. Ивана Афанасьева, Зиновия Касмынина, Василия Попова и Илью Колесникова признали виновными и приговорили к «отсечению головы». Решение Черкасского суда отправили в Петербург для получения письменного подтверждения. Ожидалось, что из столицы придет ответ, согласно которому обезглавливание «милосердно» заменялось на нещадное битье кнутом, ведь смертная казнь официально была запрещена. Затруднительной неожиданностью стал рескрипт из столицы, по которому решение суда и мера наказания ничуть не изменялись. Историк Александр Сапожников предположил, что причиной этой коллизии стала леность петербургского бюрократа, который не стал разбираться в пухлом судебном деле, а прочитал только сопроводительный рапорт атамана Орлова, где донской начальник намеревался осужденных казаков «по силе законов казнить смертью». Казнить по закону — запороть насмерть. Именно это решение подтвердили в столице.
