Следствие по делу Евграфа Грузинова завершилось уже 16 августа 1800 года — спустя всего четыре дня после его ареста. Казак так и не признал себя виновным и отверг все обвинения. Более того, полковник отказался от исповеди, заявив протопопу черкасского Воскресенского собора Петру Федорову, «что он нимало не грешен, а потому исповедь ему приносить не о чем». Священник, донося об этом следственной комиссии, заметил: «…По всем его (Евграфа Грузинова. — А. У.) словам выходит один ужас, по его замыслам к уничтожению верховной власти».
Не сладив с упрямством Грузинова, следователи решили допросить казаков, которые так или иначе контактировали с Евграфом Осиповичем. Целью этих усилий было найти большой заговор. За раскрытие крупной крамолы генералы Репин и Кожин вполне могли рассчитывать на щедрые царские милости.
22 августа казак Илья Колесников показал, что Евграф Грузинов, говоря о тяжелом положении донского казачества, отмечал, что «земля казачья заселена слободами, а мы ничего не имеем, а только на один дом землю». Указывал Колесников и на то, что Грузинов «ругал притом в горячности матерно самого государя императора». Несмотря на все усилия следователей, кроме подобных свидетельств «произнесения мерзостных браней на особу государя императора» каких-либо признаков масштабного заговора найти не удалось. О сочинении Евграфа Осиповича знал только Петр Грузинов, который в ходе допроса указал на то, что эти «зловредные бумаги» его старший брат писал «своей рукою» — то есть самостоятельно, без соавторов и единомышленников. Допросить отца братьев Грузиновых и вовсе оказалось невозможно, так как он был разбит параличом и «не мог ни одного слова вымолвить».
Евграф Грузинов был приговорен к четвертованию. Но смертная казнь в Российской империи была отменена в 1754 году, а вместо нее практиковали наказание «нещадно кнутом», которое позволяло запороть человека насмерть. Именно эта страшная экзекуция и ожидала казака-вольнодумца.
4 сентября Черкасск был взбудоражен радостной вестью из Петербурга. Император Павел I помиловал всех казаков, обвиняемых в укрывательстве беглых крестьян. Царское помилование было торжественно зачитано атаманом Орловым в войсковой канцелярии. «По прочтении всевысочайшего указа представлял я всему собранию, сколь много обязаны мы чувствовать высокомонаршую милость и впредь всемерно удаляться от подобных зловредных покушений…» — писал Орлов в рапорте императору. Казаки поклялись в прекращении приема беглых и обязались искоренить эту практику «всепрележнейшим один за другим смотрением». После атамана с короткой речью выступил генерал Кожин. В его словах о важности совершенного казаками преступления и величайшем милосердии, проявленном монархом, можно было заметить скрытую угрозу. Но казаки уже поверили своему счастью. Как писал Орлов: «…Вашего императорского величества благоволение мгновенно разнеслось по всем частям города и повсюду слезы горести переменились в слезы обрадования и благодарнейшее подъятие рук к небу».
