В это же время в ходе следствия по делу Иловайских обнаружились многочисленные злоупотребления в делах войсковой канцелярии. Император окончательно потерял доверие к донской старшине. 11 июня 1800 года в войсковую канцелярию был назначен специальный прокурор, который должен следить за неукоснительной законностью всех принимаемых решений.
Казалось, что дела атамана Орлова хуже некуда, но вскоре последовал очередной удар. Его нанес победитель Пугачева генерал Иван Михельсон, который в начале XIX столетия управлял Новороссийским краем. 9 июля 1800 года в Симферополе (или Ак-Мечети) Михельсон написал письмо Павлу I о случаях массовых побегов крепостных крестьян из вверенной ему губернии на Дон. Новороссийский губернатор указывал, что уже не раз безрезультатно обращался за помощью к атаману Орлову. Михельсон упомянул и об известных ему крестьянских побегах из других губерний. Все дороги крестьянской свободы вели на Дон.
«Известясь от новороссийского гражданского губернатора, что побеги из разных уездов той губернии в пределы донские не только не прекращаются, но еще и вновь много семей туда бежало, где даже и чинится им пристанодержательство, наистрожайше вам повелеваю пресечь сии неустройства, в противном же случае, есть ли оных всех беглых вы не возвратите куда следует и тех побегов не прекратите, то будете лишены чинов и места», — писал разгневанный царь Орлову 23 июля 1800 года.
5 августа в Черкасск прибыли царские доверенные — генералы Иван Репин и Сергей Кожин. Они должны были покончить с приемом и укрывательством на Дону беглых крестьян, а также ревизовать военные и гражданские институты управления Войска Донского. Тут же начались аресты казаков, подозреваемых в укрывательстве крестьян. Всего были схвачены семеро: три подполковника, один майор, двое войсковых старшин и есаул. Казаков признали виновными и держали на гауптвахте. Следствие вел генерал Репин, который писал царю, что рад исполнить монаршую волю, «войдя с верноподданническим тщанием во все подробности к прекращению закоренелого сего зла». Повсюду были расставлены караулы, передвигаться между селениями, въезжать и выезжать из Черкасска можно было только с разрешения начальства.
Атаман Василий Орлов, желавший реабилитироваться в глазах венценосца, доносил в Петербург об успешном возвращении новороссийских крестьян прежним владельцам и обещал, «что ни одна душа более не попадет на Дон из беглых».
Генерал Кожин подолгу беседовал со старшинами; судя по его рапорту Павлу I, эти беседы должны были устыдить и напугать казаков. Царский доверенный указывал на все те привилегии и милости, которые были получены донцами и оплачены их черной неблагодарностью, прежде всего противозаконным укрывательством беглых. Все это, как разъяснял казакам Кожин, привело их к роковой потере «высочайшего благорасположения». «Пришедши теперь в крайнюю робость и трепет, — не без удовольствия отмечал в своем рапорте Кожин, — имели они вчерась и севодни у войскового атамана Орлова, а потом в войсковой канцелярии нарочные заседания, откуда пришед ко мне, представили мне, что они намериваются чрез войскового атамана Орлова послать к освященнейшим стопам вашего императорского величества рабское прошение с чистосердечным признанием своих вин и с клятвенным обещанием взять всевозможные меры для изыскания у себя всех беглых людей и впредь на таковые злоупотребления никогда не покушатся, а дабы не довести их до отчаяния, позволил им чрез войскового атамана сие сделать, не дерзая однако же отнюдь ни в чем их обнадеживать…»
