Суд над террористом состоялся через полторы недели после кончины министра, семнадцатого марта. Причины оттяжки были связаны не столько с ростом студенческих волнений, сколько с тем, что приходилось выжидать исхода болезни Боголепова. Так как оставался открытым вопрос: за что судить Карповича — за убийство или нанесение министру тяжелого ранения. Неожиданностью для всех стало то, что дело Карповича слушалось в военном суде, а не в Судебной палате с участием сословных представителей, как ожидали многие. Это стало сенсацией, учитывая настроения в обществе и правящих кругах. Даже военный министр Куропаткин, провожая питерских студентов в солдаты, произнес ободряющую напутственную речь и, пожимая каждому руку, дал слово офицера, что, покуда он министр, Карпович не предстанет перед военным судом. По слухам, даже императрица настаивала на передаче дела в открытый суд. Из-за чего, как говорили, она очередной раз поссорилась с государем-императором.
Дело Карповича рассматривалось при закрытых дверях около шести часов.
От последнего слова подсудимый отказался, после чего был оглашен приговор по обвинению его в предумышленном убийстве. Он приговаривался к «к лишению всех прав состояния и смертной казни через повешение». Одновременно с этим появился новый Указ о студентах, по которому отменялась отдача студентов за участие в беспорядки в солдаты, «поскольку солдат есть почетный Защитник Отечества, а не каторжанин. Бунтовщики же противу строя государственного, права на сие почетное звание не имеют». Одновременно облегчалось поступление в университеты учащихся реальных училищ и отменялся пресловутый «указ о кухаркиных детях». Кроме того, разрешались корпоративные организации студентов, легализировались курсовые старосты, дозволялось учреждение научно-литературных трудов, касс взаимопомощи и столовых, но только с одобрения местных властей. Вводились новые государственные стипендии для оплаты обучения одаренных студентов из беднейших слоев населения. При этом указ ужесточал наказание за беспорядки, предусматривая от ранее действовавшего простого исключения вплоть до каторжных работ «в случае массовых беспорядков, отказов от учебы по политическим мотивам и бунтов». Что наряду с казнью Карповича вызвало очередное бурление в университетах. В ответ правительство прибегло к закрытию всех учебных заведений и вводу на территории самых «вольнодумных» университетов казаков и жандармов. Возмущение профессуры задавили в зародыше, арестовав несколько несдержанных на язык и поставив еще нескольких под гласный надзор полиции. Подача прошений в министерство просвещения и даже самому императору закончилась ничем. Принявший делегацию профессоров Николай выслушал их со скучающим видом и заявил, что никаких послаблений не будет, поэтому «не стоит предаваться бессмысленным мечтаниям».
