В 1918 г. он избирается действительным членом Российской Академии наук, и в 1920-е годы работает в Англии, по заданию советской дипломатической миссии, с лордом Керзоном. В 1923 г. в Лондоне издается первая книга его большой «трилогии» по буддийской философии «Центральная концепция буддизма и значение термина „дхарма“», в 1927 г. в Ленинграде вторая — «Концепция буддийской нирваны» (обе на английском языке), которые тематически соответствовали первым двум из трех стадий развития буддийской мысли по периодизации тибетского историка Будона (XIV в.) и осмыслялись Щербатским как стадии классического плюрализма и махаянского монизма. С 1928 г. он возглавляет Институт буддийской культуры, реорганизованный в 1930-е годы вместе с другими востоковедными учреждениями в Институт востоковедения, в котором он заведует Индо-тибетским кабинетом. В 1930–1932 гг. Щербатской издает завершающую часть своей «трилогии» — двухтомную «Буддийскую логику» (также на английском языке), которую можно рассматривать как фундаментальную разработку материалов «Теории познания и логики по учению позднейших буддистов» на новом теоретическом уровне и с привлечением новых — санскритских и тибетских — источников. В 1936 г. в серии «Bibliotheca Buddhica» публикуется последняя значительная работа Щербатского — частичный английский перевод основополагающего текста буддийской школы йогачаров «Мадхьянта-вибханга или Рассуждение о различении крайностей и средины». В 1937 г. собственная школа Щербатского подвергается разгрому и репрессиям, а сам он становится (несмотря на вышеотмеченные заслуги перед советской властью) мишенью идеологической кампании по борьбе с идеализмом в востоковедении. С началом войны, в 1941 г., его, с рядом уцелевших ученых, эвакуируют в Северный Казахстан, где он завершает свой жизненный путь 18 марта 1942 г. в поселке Боровое[3].
Щербатской еще при жизни стал классиком историко-философской буддологии, и единственное его монографическое исследование на русском языке (большинство его работ были написаны на западных языках) «Теория познания и логика по учению позднейших буддистов» было переведено в 1923–1924 гг. на немецкий (индологом О. Штраусом) и в 1926 г. на французский (И. Манциарли и философом-компаративистом П. Массон-Урселем) языки. Когда его индийский ученик буддолог Р. Санкритьяяна в 1920-е — 1930-е годы спрашивал крупнейших индологов, кто является самым значительным специалистом в области индийской, в частности буддийской философии, то Г. Людерс в Берлине и С. Леви в Париже однозначно указали ему на Щербатского
