Вернувшись в Россию, Щербатской временно прерывает научные занятия, обращаясь к общественной деятельности, но после смерти Бюлера в 1898 г. возвращается в Европу — на сей раз в Бонн — для работы с другим замечательным индологом, экспертом во многих шастрах, Г. Якоби. Немецкий ученый работал в то время над переводом знаменитого трактата по поэтике «Дхваньялока» Анандавардханы (IX в.), и Федор Ипполитович очень удачно совпал в своих научных интересах со своим новым «гуру», так как писал в то время статью «Теория поэзии в Индии». В Бонне же он издал средневековую историческую поэму «Хайхайендрачарита» Харикави (с комментарием и немецким переводом) и работал над надписями царя Шиладитьи II (VII в.). По возвращении в 1900 г. в Санкт-Петербург Федор Ипполитович начал преподавание санскрита, пали и тибетского на кафедре санскритской словесности факультета восточных языков. За время своей последующей сорокалетней преподавательской деятельности он создал целую школу буддологов и востоковедов широкого профиля.
В 1904 г. Федор Ипполитович, кандидат историко-филологического факультета, защитил в качестве магистерской диссертации свой исследовательский перевод трактата буддийского логика и эпистемолога Дхармакирти «Ньяя-бинду» («Учебник логики») с комментарием Дхармоттары и издал тибетскую версию текста в основанной Ольденбургом (в 1897 г.) серии «Bibliotheca Buddhica», в которой он впоследствии постоянно публиковался. С целью изучения живой буддийской традиции и ее живого языка он совершил в 1905 г. поездку в Монголию (много общавшись в Угре с тогдашним далай-ламой), а в 1907 г. — в Бурятию. В 1909 г. вышел второй том его исследования по трактату Дхармарирти-Дхармоттары, и двухтомник «Теория познания и логика по учению позднейших буддистов» стал первым его фундаментальным трудом, принесшим ему международное признание. В 1910 г. он был избран член-корреспондентом Петербургской Академии наук по разряду восточной словесности. В том же году он посетил Индию (Бомбей, Барода, Бенарес, Махабалешвар, Калькутта и другие города), изучая тексты философии ньяйи с пандитами и участвуя в традиционных диспутах, в ходе которых он произвел на индийцев сильнейшее впечатление своим совершенным активным знанием санскрита. По возвращении на родину Федор Ипполитович приступает к реализации международного проекта по изданию «Абхидхармакоши» Васубандху (в рамках «Bibliotheca Buddhica»), привлекая к его реализации С. Леви, Л. де ла Валле Пуссена, некоторых других буддологов и своего выдающегося ученика О.О. Розенберга.
