В ноябре 1963 года после девяти кризисных месяцев Баас утратила политическую власть в стране. Это было драматическим событием в истории партии. Все начали обвинять друг друга почем зря. Однако для Саддама Хусейна партийный кризис по большому счету оказался весьма кстати. Он стал поворотным пунктом в его карьере, позволив в течение нескольких лет вырасти в одну из самых сильных фигур в партии.
К середине 60-х годов лагерь аль-Бакра превратился в главную силу баасистов. Сам аль-Бакр в 1964 году был избран членом национального командования (правления), а через год стал генеральным секретарем Иракского регионального командования. Этим воспользовался Саддам. Он сумел быстро войти в доверие к альБакру и стал в конечном счете его правой рукой. Награда за его верность последовала незамедлительно. В феврале 1964 года седьмой конгресс Национального командования принял решение укрепить иракский филиал Баас путем создания Временного регионального командования. Благодаря поддержке основателя партии Мишеля Афлака и генерального секретаря иракского филиала Баас аль-Бакра Саддам Хусейн был избран членом Иракского регионального командования.
С первых дней пребывания в высшем партийном органе Хусейну было поручено заниматься вопросами безопасности партии. Впоследствии он первым на Ближнем Востоке поставит партийную службу безопасности над армией и заставит офицеров побаиваться новоявленных особистов. Если Насер, Садат, Асад и другие лидеры арабского мира опирались на армию и превратили ее в элиту страны, то Саддам с самого начала опирался на спецслужбы. Он сделал для себя важный вывод: чтобы прийти к власти, нужна сила. Она нужна и для того, чтобы подчинить своей воле все политические течения. Именно военная сила дала возможность генералу Касему в 1958 году сбросить монархию. Но она же низвергла его самого пять лет спустя…
Саддам сделал еще один важный вывод: у партии не было достаточного контроля над силовыми структурами. Это и привело в конечном счете к падению режима Касема. Таким образом, в ту пору только военными средствами можно было достичь возвращения партии Баас к власти.
За выводами последовали дела. В 1964 году Хусейн, будучи ответственным за военную организацию партии, незамедлительно начал готовить военный переворот против президента Арефа. Были составлены два альтернативных плана действий против тогдашнего иракского лидера. Оба предполагали начать активные действия в середине сентября 1964 года. Согласно первому плану группа вооруженных баасистов, возглавляемая Хусейном, должна была проникнуть в президентский дворец во время заседания кабинета министров и уничтожить все иракское руководство. Второй план предусматривал сбить самолет Арефа во время его полета в Каир на совещание арабских лидеров.
